鸽眼配对瞳孔一大一小是可以的。在信鸽的养殖中，瞳孔大小的一致性并不是配对时的主要考虑因素。瞳孔大小的变化可能受到多种因素的影响，如遗传、环境、健康状况等。因此，只要鸽子的整体健康状况良好，且没有明显的疾病或遗传问题，瞳孔大小不一致并不一定构成问题。
然而，需要注意的是，如果瞳孔大小差异明显且伴随其他眼部异常症状，如流泪、红肿、视力受损等，可能需要进一步检查以确定是否存在眼部疾病。这种情况下，最好咨询专业的兽医进行诊断和治疗。
总的来说，鸽眼配对时，主要关注的是鸽子的整体健康状况和遗传背景，而瞳孔大小的一致性并不是决定性因素。