随着时间的推移，匈奴在天灾人祸当中步步走向分裂，到了东汉时期匈奴国发生严重的自然灾害人畜死伤大半，同时匈奴内部再一次发生分裂，以逐日王为首的匈奴人南下归附汉朝，称臣为南匈奴，汉朝将其安置在河套地区，而留在北方大漠的则是北匈奴。

留在北方的北匈奴不仅仅要承受天灾，还有遭受来着东汉王朝、南匈奴以及西域各国的攻击，处境十分的艰难，后来东汉的窦宪率领三路大军夹击北匈奴，双方在今蒙古境内的杭爱山交战，在东汉王朝的强大攻势之下北匈奴一败涂地。

窦宪一直追击到乌布苏诺湖附近，前后一共招降了近二十万匈奴，窦宪等人还登上燕然山刻石勒功，纪汉威德。北匈奴只好西迁到中亚地区，渐渐地退出了中原王朝的视野当中。

另一边由于依附的匈奴越来越多，接受了大量原先北匈奴的人，南匈奴势力倍增，但是由于内部鱼龙混杂，难以驾驭控制，南匈奴甚至还出现过个单于被*害的现象，为此汉朝对于南匈奴的管理越来越严格。

到了三国时期，匈奴有死灰复燃的现象，但是随着曹操统一北方大地，开始对南匈奴进行征伐，最终迫使其再一次臣服曹魏，曹魏将匈奴单于拘留，将其分裂成为五个部分，安置在平阳郡，至此之后，匈奴单于王朝彻底的终结。

东汉末年以来，周边的游牧民族纷纷地涌入中原地区，其中以匈奴人数量最多，历史上记载当时的现象为"关中人口百万余，戎狄居半，汉匈杂居"。由此可见匈奴作为游牧民族在当时慢慢地融入到游牧民族当中，在农耕过程当下逐渐退化，最后成为农耕民族的一部分。

西晋统一三国之后，各地的游牧民族进一步深入到中原腹地，随着西晋统治阶级爆发八王之乱，最终引发五胡乱华，其中匈奴人刘渊就趁机崛起，起兵建国，称为汉帝，一度占领了中国北方的大部分地区，可以说是匈奴人历史上最后的荣光。

匈奴在北方衰弱之后，鲜卑族迅速进入蒙古高原，匈奴人与鲜卑人不断地进行通婚融合，其后代称之为铁弗人，因此有一部分蒙古族人可以说是匈奴人的后裔。

同时在西域地区的匈奴人则与月氏人进行融合通婚，可以说在五胡乱华的时代匈奴人也加速退出历史的长河。

除此之外匈奴人也积极融入到其他民族当中，因此产生了各种匈奴别部和杂胡，但是这些匈奴与其他少数民族融合的后代在魏晋以后都消失不见了。

值得一提的是匈奴人当中大部分都融入到汉民族当中，例如刘氏、曹氏、金氏等等姓氏都存在汉族和匈奴人融合通婚的情况，因此匈奴虽然不在五十六个民族当中，但是其血统却融合在许多民族的后代身上，并且随着当今科学技术越来越发的，科学家通过先进的技术手段也已经证实匈奴完全融合华夏的观点。