此举虽然破除了旗主专擅一旗的积弊，但王公贵族仍以所得佐领为私产，在子孙中世袭。他们对所属佐领的旗人任意差遣役使，遇有过失，动辄锁禁，籍没家产。下五旗旗人身为国家官属，却处在诸王私人支配之下。
雍正年间，满洲都统五格，在雍正帝面前奏对时，对已经获罪削籍的允禟，仍口口声声称之为“主”。故主尚有如此淫威，足见下五旗旗人对旧日领主的人身依附关系之强。
胤禛在诸兄弟倾轧中最终夺嫡而得皇位，即位后便采取严厉措施对待兄弟，进一步激化了矛盾。当时亲王各有五六个佐领，兵丁三四百名，六个亲王所属兵丁多至二千四百至二千五百名，加上其他若干王公的兵丁，总数竟达四千余名。雍正帝为巩固地位，不遗余力打击诸旗王公权势，以杜祸患。
他借口“五旗之人，竟有二主，何以仰生”，严禁诸王对所属旗人擅行治罪；规定除王府护卫仍由本主升擢外，其余官员升擢皆归有司，诸王特权至此削弱。又禁止诸王私遣人役，需要时必须列名请旨。雍正帝通过裁抑宗藩，使自己的统治地位得以巩固。
从此，不但上三旗人为皇帝控制，下五旗人“虽各自有该管之主，而其心亦只知有君上，不知有管主”。此后，尽管八旗王公仍旧享有尊崇的政治地位，经济上领取优厚的俸禄，但对旗人已失去了昔日的权力。正身旗人不再是领主私属，成为皇帝的旗下平民。
二、内务府包衣三旗
上三旗下五旗分治后，各旗所有的包衣随之分为两个系统：上三旗包衣称“内务府属”或内府旗人，为皇家私属，编为内务府镶黄、正黄、正白三旗，俗称“内三旗”，亦分满、蒙、汉；下五旗包衣称“王公府属”，为各王私属，编为府属佐领、管领。
内三旗与八旗（指的是上面所述的外八旗）是两个独立的组织体系。有别于八旗佐领统属于各旗都统，内三旗初隶属领侍卫内大臣，康熙十三年（1674年）该归内务府，从此终清之世不改。
内三旗的构成与外八旗有所不同。内三旗以下，各设内参领；内参领下设有内府佐领、旗鼓佐领、内管领。内府佐领，即皇家所有的满洲佐领，成分为满洲平民；旗鼓佐领即皇帝所有的汉人佐领。康熙朝《大清会典》中，又把“旗鼓佐领”直接写成为“内务府汉军佐领”。
内管领原系家奴，在内三旗中地位最低，又称“辛者库牛录”意思是“内管领下食口粮人”。编入内管领的最初都是奴仆，以后内部成分又有变化。
清朝初期，内府旗人的身份地位较低，但由于他们是皇帝奴仆和私属，一旦为其宠信也能外放肥差、执掌重权，进而成为世家望族。内府旗人允许入学、考试、为官，旗鼓佐领下人在内务府的仕途升迁与满洲人同，升至九卿，亦占满缺。
《八旗满洲氏族通谱》中，内务府旗人被列为“满洲旗分内汉人”，在《八旗通志《中，他们被列入满洲官员志，而八旗汉军，则别列一门。因此，又可将内务府旗人视为八旗内部满洲化程度最高的汉人。
内务府旗人在一定条件下可以抬旗或改旗。顺治九年（1632年）议定：内务府三旗佐领、内管领下官员，有军功劳绩，奉特旨令其开出内府佐领、内管领者，各归上三旗旗下佐领。清中叶以后，内务府旗鼓佐领下人如大学士高斌、高晋等人，皆改隶外满洲镶黄旗。当然，在人数众多的内府旗人中，能有如此殊荣者，只是凤毛麟角。
内务府三旗的形成，是满洲皇族独掌三旗，并在八旗中确立其经济、军事、政治绝对优势的产物。同时，又保留着满人早期蓄奴的残余。内三旗与八旗并行存在，构成了清代旗人社会组织的一大特色。
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