当时的内阁辅臣李贤和彭时在场，李贤作为首辅开始还敢拿英宗遗诏据理力争，可周贵妃的亲信宦官夏时却厉声为贵妃反驳道：“儿子做皇帝，生母不应该为太后吗？你们觉得为难，不好处置钱皇后，就请钱皇后写一份让位表文，叫她让出太后之位，退居别宫就得了！”这时李贤闻言，脸色都变了，一时不知所措，不敢再往下力争，而是彭时正气凛然道：“先帝在时已经定下来的事情，现在谁敢说改就改，这样的诏书谁敢起草？你难道要让皇上成为万世唾骂的不孝罪人吗？”

夏时还要拿周贵妃和宪宗皇帝来压彭时，彭时又说道：“天下是太祖、太宗的天下，皇上要展现他的大孝之心，就应当将两宫并尊为太后，这也能保全皇上的圣德！钱皇后无子，我们这些臣子今天在这里苦争，如果得罪皇上生母，难道还能谋到什么私利吗？”

夏时这才被彭时驳得哑口无言，后来这个办法被明宪宗所采纳，周贵妃也不再有异议，而彭时又上奏道：“两宫并称太后亦当有所区别，钱皇后当尊为慈懿太后，而周贵妃则依制为皇太后！”后来另一个宦官覃包来到内阁，对辅臣们说道：“彭公的意思正合皇上之意，只是之前迫于太后，不敢做主，如果不是两位相公力争，几乎陷皇上于不孝了！”不久，彭时被升任为吏部右侍郎兼翰林学士，又奉诏参与了《明英宗实录》的编修。

明宪宗成化元年，彭时又升任为兵部尚书。成化二年，彭时请求回乡省亲。可第二年，宪宗就多番下诏催促他返京辅政。彭时回到京师之后，被加封为太子少保兼文渊阁大学士。成化四年，成为内阁首辅大臣，也就是俗称的宰相。

也就在成化四年六月，钱太后病逝，按照明英宗遗诏，是要让钱后与英宗合葬裕陵的。可此时的明宪宗考虑到自己的生母周太后，将来晏驾也是要入葬帝陵的，如果钱太后已与先帝合葬，周太后身后就难入裕陵了，于是就相当地为难。

周太后直接挑明则不愿钱太后与英宗合葬。彭时为了维护王朝的礼制和宪宗的孝德，在御前强烈力争，最后他说：“钱太后入葬裕陵是先帝的遗愿，子遂父愿才是孝道！这是普通老百姓都知道的！皇上即位以来，对两宫太后都很孝顺，圣德也在天下广为传闻，陛下如果要全孝道，就应该将钱太后入葬裕陵！”

可宪宗还在犹豫，他说：“母后不愿如此，为人子不尊母意，还能称孝吗？”彭时则答道：“臣深知陛下为难，何不将钱太后葬于先帝之左，则虚右位以待周太后将来可乎？右位为尊，皇太后还有什么不满意的呢？”宪宗觉得这个主意合情合理，于是就答应转告周太后，而后实行。

可后来宪宗皇帝还是在周太后那碰了一鼻子灰，发出了为钱太后另择吉地的圣旨。彭时见状，毫不犹豫地带领百余名朝臣，一齐跪在文华门前泣请钱太后入葬裕陵，宪宗皇帝得知之后，传旨令群臣退去，彭时与群臣叩首抗旨拒命，在宫门前伏请一天，最终周太后与明宪宗都被彭时等百官的忠直之气所感动，只好恩准了此前彭时所议定的钱后合葬裕陵之请，彭公也因此更加名扬天下。

后来西北又发生了叛乱，朝臣们都为此惊慌失措，也是彭时坐镇内阁，任用良将，才将叛乱平定了下去。成化五年，彭时患病辞官。仅仅只过了三个月，明宪宗就百般催请他回内阁参政，可免予上朝。彭时经常向皇帝提出一些惠民的建议，都得到了采纳。他在宪宗面前从来都是直言上奏，无所避忌，宪宗也非常倚重他。

成化七年，彭时再次病重，请求致仕还乡。皇帝居然流泪挽留他，彭时因此留任首辅。不久又上书劝皇帝不要佞佛，虚耗国库。不要滥加刑赏，要保持公平待人。又奏请抑制豪强兼并田产土地，多惠及黎民百姓。宪宗都一一照办。

后来大太监刘永诚去世，他的侄子宁晋伯刘聚居然向皇帝请赐刘永诚封号。宪宗平时宠信刘永诚，就准备特赐“褒功”的封号。结果彭时直言上奏不可，宪宗居然援引宋徽宗给宦官童贯封王之事来解说，彭时答道：“童贯封王乃宋徽宗末年之事，陛下岂效亡国之君乎？”吓得宪宗只好将此事作罢。

后来彭时病重难医，宪宗多次派御医前去给他看病，还多次派宦官赏赐给他财物。可彭时也多次（七次）向皇帝请辞休养，宪宗总是对他依依不舍。直到成化十一年正月，彭时晋升太子太保，同年三月病逝，享年六十岁。临终前只说：生死乃常理，不足为憾，然时半生身居高位，上不能报尽忠报国，下不能终养老父，甚是惭愧！”明宪宗闻讯之后，大为哀伤，竟宣布为他辍朝一天，并追赠其为太师、左柱国，谥号“文宪”。