东晋是由西晋皇族司马睿南迁后建立起来的王朝，和西汉东汉一样，也是由于都城位置，后世称为东晋。东晋主要控制南方区域，与此同时的北方则是被五胡十六国占领，这一历史时期又称东晋十六国。

317年，西晋灭亡后，司马睿在建康重建晋廷，为晋元帝，史称东晋。由于司马睿的登基得到了北方大族琅琊（今山东省临沂市）的王氏家族王导、王敦兄弟的大力支持，登基后任王导丞相、王敦专政军事，时称“王与马，共天下”。

由于王敦和晋元帝之间的矛盾日益加剧，322年，王敦发兵攻陷建康。晋元帝忧愤而死，晋明帝登基，不料王敦突然于324年病危，晋明帝平乱成功。史称王敦之乱。但由于王导未附逆，王氏仍受晋室重用。

与此同时，中国的北方则成为匈奴、羯、鲜卑、氐、羌等五个主要少数民族和汉族争*的战场，从304年匈奴贵族刘渊建立汉国，到439年鲜卑拓跋部统一北方的时间里，先后建立了前赵、后赵、前燕、前凉、前秦、后秦、后燕、西秦、后凉、南凉、西凉、北凉、南燕、北燕、夏等十五个政权，连同西南的成汉，共十六国，史称五胡十六国。

346年十一月，东晋桓温率军西征，次年三月攻克成都，成汉灭亡。后又三次北伐，恢复了部分失地，打击了氐族、羌族、鲜卑族的统治者。

352年，苻健称帝，国号大秦，定都长安，史称苻秦、前秦。370年灭掉前燕后，苻坚即有意灭东晋以统一天下。至382年，苻坚又占据西域，基本统一北方。

383年，东晋和前秦在淝水（今安徽省寿县的东南方）展开决战，最终东晋谢安仅以八万军力大胜二十多万的前秦军。此后黄河以北又再陷入分裂的状态。

东晋朝是王、谢、庾、桓四大族势力平衡下的产物，至桓玄时期，王谢庾三族相继衰落。403年十二月，桓玄废晋安帝，建立桓楚。但很快刘裕就击败桓玄，掌握东晋政权。420年刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称南朝宋，东晋至此灭亡。

从395年开始，北魏太武帝拓跋焘先后击灭后燕、后秦、大夏、北凉、西秦、北燕等割据势力。公元439年，北魏太武帝拓跋焘统一北方。至此进入南北朝时期。