番茄是可以留种子的蔬菜，有些从商家买回的种子包装上有注明不可留种，种植有经验的菜友告诉，很可能是杂交品种。这样的就不能留种，因为产量和质量都会下降。好的原生品种小家庭留种就很有必要。
番茄留种通常选用两种方法：简单留种法或者发酵法。
在番茄的生长期间，注意选择生长势头好，个头大，体型好，色泽鲜艳，脐小，果肉厚，蒂部无裂纹的果实做预留种保护。让其一直自然生长到成熟再采摘。采摘下的番茄放置2-3天就可以取种。
简单留种法把番茄掰开，取出番茄瓤，放到一个器皿中，然后用小镊子把种子一粒粒的取出来，均匀的放在厨房纸上，在阳光下晒干，晒好后的种子，连同厨房纸一起剪下来，放到信封保存，来年就可以直接埋到土里育苗种植。
简单留种的方法，其种子没有经过发酵处理，所以它的有效期很短，也就是1~2年时间。
发酵留种发酵留种其实也很简单，只是取出的番茄瓤放入准备好的器皿中。但使用的器皿一定不能是金属的，尤其不能是铁铝等金属的，以免种子接触到金属器皿后，发生物理或化学的变化。最好使用玻璃瓶。
把玻璃瓶盖好让种子发酵，注意不需要加水，以避免在发酵的过程中种子发芽。室内放置2~3天自然发酵，番茄瓤会液体化，种液外表会涌现白色菌膜，有发酵的味道。当种子与肉质粘液容易分离时，就说明种子已经发酵好了，然后可以用淘洗的方式把种子筛选出来。
筛洗出来的种子，放在纱布或者厨房纸上自然晾干，然后密封保存就可以了。发酵的种子非常干净，去掉了胶状物，据说胶状物中有抑制种子发芽的化学成分。发酵好的种子有效期长，5~6年的种子成活率都很高。
