过磷酸钙和钙镁磷肥是目前农民朋友常用的两种磷肥，两者的化学成分与物理性质截然不同：过磷酸钙为白色或灰白色粉末，有吸湿性和腐蚀性，含磷量16%～18%，属酸性化肥；钙镁磷肥为灰色或暗绿色，不吸湿不结块，可以经久存放，含磷量14%～18%，属碱性化肥。因此，施用和贮藏时也有很大的不同
适施土壤不同
过磷酸钙呈酸性，适宜施在石灰性和中性土壤中，生成易被作物吸收的盐类，若施入酸性土壤中，其主要成分磷酸钙与土壤中的游离铁、铝离子发生交换反应，形成不溶性磷酸盐，难以被作物吸收，一般应与有机肥混合并集中施于根系密集区，以减少同土壤的接触。而钙镁磷肥呈碱性，宜施入微酸性或酸性土壤中，作基肥全层深施，以加速有效磷的释放，利于作物吸收利用。
肥效快慢不同
过磷酸钙为水溶性磷肥，肥效来得快，既可作基肥，又可作早期追肥或根外追肥。而钙镁磷肥为难溶性磷肥，肥效来得慢，在一般情况下，它的施用时间最好比过磷酸钙提前一两个月，宜作基肥一次性施入。这两种磷肥所含的有效磷含量相差不多，但由于钙镁磷肥肥效慢、肥效长，因此一次性施用量要比过磷酸钙增加50%，生产中可采用隔年施用的办法，以提高利用率。
不能混合施用
过磷酸钙不宜与石灰、草木灰等碱性肥料混合施用，钙镁磷肥不能与硫酸铵、氯化铵等酸性肥料混合使用，以免发生化学反应而降低肥效。过磷酸钙含有大量的硫酸钙，在缺硫的土壤中施用有补充硫营养的作用;钙镁磷肥具有供给作物钙、硅等元素的能力，因此在喜钙的豆科作物和需硅的水稻、小麦上施用，效果更好。
耐贮性不同
过磷酸钙易吸湿回潮结块，有腐蚀性，如贮藏时间长，一部分水溶性磷便会转变为难溶性磷，且湿度、温度越高，这种转变速度越快。而钙镁磷肥不吸湿结块，无腐蚀性，耐贮藏。因此，提倡过磷酸钙现购现用，在需要贮备磷肥时，宜选购钙镁磷肥。
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