2004年10月2日，《奈克瑟斯奥特曼》（ウルトラマンネクサス）开始在日本中部日本放送（CBC）电视台播出。对日本电视行业有所了解的人都知道，CBC电视台与曾经播出在昭和时代播出奥特曼系列的东京TBS电视台和平成早期播出奥特曼系列的大阪MBS电视台，同属于日本新闻网（JNN）。但是，TBS属于在京核心局，相当于全国总台，MBS则属于准核心局，而CBC电视台播出范围仅限于以名古屋为中心的中京广域圈。也就是说，CBC电视台的传播能力和节目购买力都远不能跟TBS和MBS两家大电视台相比。

《奈克瑟斯奥特曼》为了求变，又对奥特曼系列固有的世界观和故事构架方式，做了颠覆性的改变。剧中出现了光的力量在不同的适能者之间传递的设定，而主人公也不是奥特曼。其实，对于这个时候还在追奥特曼的收视人群来说，死忠粉已经占到了相当高的比例。这样毫无逻辑可言的更改，又以被认为是黑暗、晦涩的表达风格展现，观众自然不买账，纷纷用生硬和沉闷来形容新剧。而其中，偶尔出现的恐怖、惊悚画面也因为“奥特曼是给小孩子看的”这样先入为主的成见而招致了批评声浪，甚至日本发行量最大的报纸之一——《朝日新闻》上都刊登出了对本作的批评。由于口碑扑街，《奈克瑟斯奥特曼》仅播出了37集便被叫停，仅相当于原本预期制播总量的2/3。由于电视剧播放效果不及预期，2004年底上映的同名电影版，也没能取得预期的票房成绩。

在经历了《奈克瑟斯奥特曼》的惨败后，2005年7月2日开播的《麦克斯奥特曼》（ウルトラマンマックス）全面向经典模式回归。不仅，“巴尔坦星人”、“雷德王”、“杰顿”、“艾雷王”等等经典宇宙人和怪兽形象悉数回归，连昭和奥特曼时代的老演员们也纷纷回归电视剧。比如，“初代奥特曼”中奥特曼人间体早田队员的扮演者黑部进出演“地球防卫联合的最高长官高田贤三富冈”，当年扮演秋子队员的樱井浩子也出演了“怪兽生态学家吉永由香里教授”，《奥特赛文》中赛文人间体诸星团队员的扮演者森次晃嗣则客串出演了“尾崎博士”一角，等等。这次的复古路线大获成功，收视率和口碑都超越了前作。于是，延续这一风格路线的便顺势接档。

2006年4月8日，“奥特系列40周年纪念作”之名登场的《梦比优斯奥特曼》（ウルトラマンメビウス）开播。这部作品在故事线上接续自《爱迪奥特曼》，梦比优斯作为新生代的奥特曼，受到宇宙警备队的派遣，参与地球防卫，与地球上的青年人一起同怪兽和外星人作战。为了体现“纪念作”的特色，历代奥特曼也纷纷出场。

在2006年9月16日和2008年9月13日分别上映的梦比优斯奥特曼电影版《梦比优斯奥特曼和奥特兄弟》（ウルトラマンメビウス&ウルトラ兄弟）和《大决战！超奥特曼八兄弟》（大決戦！超ウルトラ8兄弟）中，又再度大打情怀牌，历代奥特曼与人间体都真人回归，仿佛奥特曼历代记在观众眼前略过。除了上述电视版和电影版外，《梦比优斯奥特曼》还在2006年、2008年和2009年以DVD贩售（OAD）的形式推出了三部外传，分别是《希卡利传说》、《黑暗铠甲》和《亡灵的复活》。至此，《梦比优斯奥特曼》可以说是奥特曼系列在新世纪少有的大成功之作。