火车卧铺的设计通常是根据列车的运营需求和乘客的使用习惯来确定的。双层卧铺虽然可以增加更多的床位，但也会带来一些问题。

首先，双层卧铺的运营效率可能会下降。因为双层卧铺的车厢多了一层，但是旅客并没有多出一倍。这意味着双层卧铺车厢的运营效率可能会低于单层卧铺车厢 。

其次，双层卧铺车厢的上下床可能会更加困难。对于一些身材较胖或者行动不便的乘客来说，上下双层卧铺可能会有一定的困难 。

此外，双层卧铺车厢的设计也可能会影响到乘客的安全。比如，如果遇到紧急情况，双层卧铺车厢的乘客可能会因为上下床的困难而无法及时逃离车厢，增加了安全风险 。

因此，虽然双层卧铺可以增加更多的床位，但是也会带来一些问题，如运营效率下降、上下床困难以及安全风险增加等。所以，火车卧铺通常会选择设计为三层而不是两层。