莲生于污泥之中，犹如人生在浊尘的世界，会受到许多邪恶污秽的侵扰。佛教要求人们不要受世间邪恶污秽的侵扰和影响。像莲花一样“出污泥而不染”，开出洁美的鲜花，是最美好的象征。

佛经常将莲性比佛性。《大智度论·释初品中户罗波罗蜜下》说：“比如莲花，出自污泥，色虽鲜好，出处不净。”《从四十二章经》说：“我为沙门，处于浊世，当如莲花，不为污染。”拯救世界的大梵天王也是坐在千叶金色妙宝莲花上出生。佛、菩萨也都端坐莲台上，或手执莲花，表达佛出自尘世而洁净不染的境界。

人要修到出自尘浊而不为污染的境界，不是易事，需要很高的觉悟和定力，这就需要不断修持去充实佛性，修去魔性。

莲花，也代表一种智慧的境界，即所谓“开悟”。《无量寿轨》说：“是菩萨作是思维，一切有情身中，具有此觉悟莲花，清净世界不染烦恼。”《大藏经图像·白宝口抄》云：“论凡夫心如合莲花，圣人心似开莲花。问：'何故众生心性譬莲花乎？’答：《秘藏记》云：莲花部吾自身中，有净菩提心清净之理，此理虽经六道四生界死泥中流转，而不染不垢，乃名莲花部。’

《疏十二》云：‘观莲花不观余花耶？’此亦有意，如世莲花处污泥之中，生处虽说恶，而莲花体性清净，妙色无比，不为诸垢所染。凡夫变复如是，虽种种不尽三毒过患无量无边，亦此莲花三昧甚深，果实皆生其中，即是如来平等大慧之光也。”

佛教说“花开见佛性”。这花即指莲花，花开即指修者达到一定智慧的境界。比喻人有了莲的心境，就会显现佛性。

真正修行人也明白，当修持达到很高境界时，他可能看到，自身腹部会生出很小的莲花般的莲台（其实不是莲台，人间没有这种对应的祥瑞之花，以莲比喻而已），同时修出那个很小的佛体（金刚不坏之体）端坐在莲台上；随着修行境界的提高，这个金刚不坏之体越长越大，莲台也随之长大；最后修成时，那个金刚体就与自己的肉身一般大，合二为一。

这时，有的特异功能人士能看到修行人身体里有两个身体。这是佛教用莲花来象征修佛和比喻修佛人的根本原因。