截至2020年7月，南通市辖3个区（崇川区、通州区、海门区）、1个县（如东县）、代管3个县级市（启东市、如皋市、海安市），总面积8001平方千米。

1.崇川区

崇川区，隶属于江苏省南通市，位于江苏省中部，长江入海口北岸，是南通市市委、市政府驻地。总面积215平方千米。

崇川区拥有一山一水两个风景名胜区。一山即国家4A级风景区狼山，一水即国家5A级风景区濠河。

2.通州区

通州区，江苏省南通市市辖区，南通市主城区之一，位于江苏省东南部，总面积1525.74平方公里。

通州区滨江临海，东部为中国“通州湾江海联动开发示范区”，西部为南通滨江新区，南部连接苏通长江大桥，北部被世界级的沪苏通长江公铁大桥穿境而过，南通兴东国际机场坐落于境内。

3.海门区

海门区，江苏省南通市市辖区，位于江苏省东南部，与上海隔江相望，素有“江海门户”之称，被誉为“北上海”。