火影忍者的主线一直跟随着主角漩涡鸣人的成长，其中最开始是以漩涡鸣人从忍者学校毕业加入到卡卡西的小队开始，到中期漩涡鸣人等忍者参加中忍考试，然后在疾风传中晓组织开始陆续登场，以及宇智波佐助叛逃木叶，中后期第四次忍界大战爆发，漩涡鸣人与佐助合力封印了大筒木辉夜，在终结谷大战之后，忍界恢复平静，结尾，鸣人当上梦寐以求的火影。

火影忍者主线剧情的集数：

1~25、27~51、53~58、60~96、98、100、107~135。

221~276、292~309、333~363、372~389、392~395、417~442，463~476。

481~490，492~498，502~503，516~522，541~546。

548~566，582~595，598~608，611~613，634~635，637~641，671，688，690。

主人公漩涡鸣人的孤儿生活开始，四代火影为了保护村子，将攻击村子九尾妖狐封印到了他体内，鸣人因此受尽了村人的冷落，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意力。

为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是成为火影。整个故事就围绕鸣人的奋斗、成长，鸣人的伙伴们，以及这个忍者世界的各种争斗和阴谋展开。