大鱼海棠讲述了掌管海棠花生长的少女椿为报恩而努力复活人类男孩鲲的灵魂，在本是天神的湫帮助下与彼此纠缠的命运斗争的故事。主要人物有椿，湫，鲲和灵婆。

椿：居住在“神之围楼”里的少女，性格坚强执着，外表有些冷漠严肃，但是内心非常细腻。椿掌管着海棠花的生长，母亲凤期望她能像自己一样独当一面。她对人类世界充满好奇，为了报恩，以一半寿命为代价让男孩鲲复活。最后在湫的帮助下和鲲一起来到人世间。

湫：与椿从小一起长大的伙伴，自幼没有父母，由奶奶抚养长大，掌管秋风。他从小缺少管束，天不怕地不怕，可在内心深处，却最害怕让他所爱的人受苦。后来和灵婆交易用自己的命换回了椿的性命并送椿和鲲去了人间。

鲲：善良的人类男孩，为了去救化为海豚的椿牺牲了自己的生命，灵魂变成一条鱼，从袖珍小鱼一直成长为北溟巨兽“鲲”，在特定的时间还能原成人形。后来和椿在人间重逢。

灵婆：掌管所有死去人类灵魂的老太婆，鱼头人身，经常在私下做很多“非法”的交易。最后将湫的灵魂带到了自己的住所，并欲将湫复活，做自己的接班人。

　椿：

　　生家族的继承人，能让植物生长。性格坚强执着，对人类世界充满好奇，有感恩的心和责任感，虽然外表看上去有些冷漠严肃，但是内心是非常细腻，富有同情心。楚之南有冥灵者，以五百岁为春，五百岁为秋；上古有大椿者，以八千岁为春，八千岁为秋。湫：与椿从小一起长大，自幼没有父母，风家族的孤儿，掌管秋风。

　　湫：

　　你知道吗，我从小没有爸妈，奶奶一个人把我带大，吃了很多苦，从小就没人管我，天不怕地不怕，想干什么干什么，可在世上我最怕的，就是让我爱的人受苦你总是在跑，每次看到你跑，我就感觉很好。湫对椿说。为什么感觉很好？椿问。

　　不知道。就觉得充满希望。湫对着椿说。人要是死了，就看不见这么美的天空了。湫望着漫天的星星自言自语。

　　鲲：

　　人类男孩的灵魂，身世不明。灵婆：掌管所有死去人类灵魂的老太婆，头是一条鱼，与椿做了恶魔的交易。

　　灵婆凤：

　　椿的母亲，掌管生家族，期望椿能像自己一样具有独当一面的能力。

　　树：

　　椿的父亲，技艺精湛的雕刻师，能为木雕注入灵魂。

　　丿丿：

　　椿的爷爷。药师，医术高明，一生救人无数却救不了自己最爱的人。爷爷对椿说：我们并不是神，我们为他们工作，真正的神在你心中。

　　椿奶奶：

　　掌管百鸟，死后化身为一只大凤凰，迦楼罗陪着椿的爷爷。

　　湫奶奶：

　　和善的老太太，身体不是很好，疼爱湫。掌管水，能够召唤出黑龙将天空撕开一道裂缝，连通人类世界和其他人世界。成人礼的主持者。

　　鼠婆子：

　　神秘又丑陋的老婆子，掌管见不得人的动物，玩世不恭，成天和老鼠呆在一起，喜欢调戏帅哥。