1、车站地址不同，商丘南站位于商丘市商丘新区南京路东段1号。商丘站位于商丘市梁园区站前路59号。

2、车站规模不同，商丘南站的建筑面积：24000平方米（截至2019年1月）。站台规模：3台6线（截至2019年12月）。商丘站的建筑面积：21151平方米（截至2018年8月）。站台规模：9台23线（截至2018年1月）。

3、主要线路不同，商丘南站的主要线路：京九铁路。商丘站的主要线路：陇海铁路、徐兰高速铁路、商合杭高速铁路。