源流三
外族改姓。源于巴尔虎旗蒙古穆奇德氏，属于汉化改姓为氏。穆奇德氏祖上穆奇德·罗拔伙世居辽阳，隶属巴尔虎旗蒙古。巴尔虎旗蒙古原居喀尔喀地区，因遭受葛尔丹部族的迫害，率巴尔虎族万余人南下，游牧于今张家口一带。康熙三十一年(公元1692年)经清廷准议，全族移驻盛京(今辽宁沈阳北部)，其中一部分族人驻守丹东凤凰城、岫岩等地并独竖一旗，称蒙古九旗。清乾隆年间至凤凰城葛藤峪定居，后又迁居凤城镇，取汉字“秦”为氏。
金朝抹捻氏以及清朝穆颜氏，后有改为秦氏者。
另有各少数民族与汉族通婚繁衍，成为秦姓一支。
另外出自舜七支有秦不虚，后人沿续下来姓秦，属于以先祖名字为氏；据史籍《群辅录》记载：“舜七友之一有秦不虚，曾并为雷泽之游一”。又据《大姓源流》等有关资料所载，舜七支有秦不虚，后人沿续下来姓秦。这说明上古帝舜时期已有秦姓。但因秦不虚之后无世系资料可考，所以，唐宋时期的谱牒学家对秦姓的起源又有以国为氏和邑为氏之说。
源流四
源于外夷。出自古代大秦人(即罗马帝国)来华，属于汉化改姓为氏。据史籍《后汉书》中记载：大秦“西海环其国，惟西北通陆道”，且“东西南北名数千里。有城四百余所。土中多金银奇宝，有夜光璧、明月珠、骇鸡犀、火浣布、珊瑚、琥珀、琉璃、琅玕、朱丹、青碧、珍怪之物”。另外一些地理类或野史杂记中，也多载大秦产珍奇异物之语。中国史籍所言的大秦其实指罗马帝国。通过丝绸之路，中国古代与大秦在经济、文化等诸多方面加强了交流。东汉和帝永元九年(公元97年)班超奉命以甘英为使者，出使大秦。甘英一行从龟兹(今新疆库车)出发，经条支(今伊拉克)、安息(今伊朗)等国，至安息西界的波斯湾后，因海上天气剧变，浊浪滔天，难以行船未能到达大秦。公元166年大秦皇帝曾遣使带着许多礼物来到中国。晋武帝时大秦国再次遣使者来中国通好。在以后的诸代，中国与大秦国的交往更加密切，如唐朝的大秦景教流行中国碑的发现，更是名证。大秦人或出使、或经商来到中国后，多因中国物饶民丰、山川秀美、文化高度发达而愿居留，不愿再回去。这些人依从汉人的风俗习惯，便以“秦”为姓。从此，子子孙孙一代代繁衍在中国。这些人就成为了秦姓的始祖之一。如三国时的商人秦纶等。古时西域及欧洲多称中国为秦，后来西方国家称中国为“支那”，即“秦”音的变化。
源流五
源于蒙古族，属于汉化改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·蒙古八旗姓》、《清朝通志·氏族略·附载蒙古八旗姓》记载：
⑴.蒙古族乞颜氏，为蒙古族最古老的部落名称，世居蒙古高原斡难河流域，史称蒙古部核心，其部族后裔的代表人物即成吉思汗。蒙古族乞颜氏，在元朝时期即冠以汉姓为秦氏、齐氏、祁氏、陈氏等。
⑵.蒙古族鄂秦氏，世居叶赫(今吉林梨树)。后有满族引为姓氏者，满语为Ecin Hala，后多冠汉姓为秦氏、鄂氏。
⑶.蒙古族墨尔奇特氏，亦称穆奇德氏，源出元朝时期蒙古七十二姓中的“灭里吉歹氏”，后为巴尔虎蒙古姓
氏，始祖为穆奇德·罗拔伙，世居扎鲁特，后迁辽阳。巴尔虎旗蒙古原居喀尔喀地区，后因遭受葛尔丹部族的多次迫害，遂率巴尔虎蒙古族万余族人南下，游牧于今张家口一带。清康熙三十一年(公元1692年)，经满清朝廷准议，全族移驻盛京(今辽宁沈阳)，其中一部分族人驻守丹东凤凰城、岫岩等地并独竖一旗，自称为“蒙古九旗”。到了清乾隆年间，“蒙古九旗”族人迁至凤凰城葛藤峪定居，后又迁居于凤城镇，多冠汉姓为秦氏、穆氏、孟氏等。
⑷.蒙古族墨尔秦氏，亦称墨勒齐氏，世居台罕(今内蒙古科尔沁罕乌拉高格斯台自然保护区)。后有满族引为姓氏者，满语为Morcin Hala。蒙古族、满族墨尔秦氏，在清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、莫氏、齐氏等。
⑸.蒙古族扎哩特氏，亦称查礼特氏、扎勒楚特氏、札拉楚特氏，世居乌喇特(今内蒙古兴安盟)。后有满族、达斡尔族引为姓氏者，满语为Jarit Hala。蒙古族、满族、达斡尔族扎哩特氏，在清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、陶氏。
源流六
源于满族，属于汉化改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·满洲八旗姓》记载：
⑴.满族绰克秦氏：亦称察克钦氏，满语为Cokcin Hala，汉义“壤”，世居白尔昆、绰克秦(皆在今内蒙古阿鲁科尔沁)，以地为氏。清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、初氏。
⑵.满族多秦氏，亦称多锦氏，满语为Docin Hala，世居黑龙江。清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、多氏。
⑶.满族瑚鼎氏，满语为Huding Hala，世居和罗山秦(今俄罗斯霍尔河流域南岸)。清朝晚期以后有冠汉姓为秦氏、胡氏者。
⑷.满族穆颜氏，亦称穆延氏，源出辽国时期五国部之一的抹拈部(抹捻部)，以部为姓，满语为Muyan Hala，是满族最古老的姓氏之一，世居浑春(今吉林珲春)，清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、孟氏、穆氏等。
