另外伏羲庙各院内遍布古柏，极为引人注目，它们为明代所植，原有64株，象征伏羲六十四卦之数，现存37株。每一棵历经千年岁月的侧柏都见证着伏羲庙的恢弘历史，它们也堪称伏羲庙内活着的化石，每一棵都无不令人为之动容......

据史料记载，元代对“三皇”特别推崇。元大德三年（公元1299年），成宗铁木尔诣令全国各州、县修建“三皇”庙，特定的日子里共同祭祀。明成化19年（公元1483年），时任秦州知州的傅鼐受河南淮阳恢复伏羲祭祀的启发，在卦台山西边的秦州城里建造了太昊宫，时至弘治三年（公元1490年），秦州指挥明威将军尹凤倡导、以及民间士绅支持，又新建造了门坊，并正式榜题太昊宫，至此，伏羲庙宇前身已经初具规模......

时至嘉靖十年，秦州知州李鋐又一次开始主持全面重修伏羲庙。传说当年寺庙重新修建后，有白鹤飞来栖息伏羲庙古柏之上。在当时，白鹤飞临预示着祥瑞之兆，因此传为佳话。因为这个传说，官民又在先天殿西侧修建了来鹤亭，以纳吉祥之意......

据《重修伏羲庙记》记述，当时建筑的布局大致为：建筑群四进四院，由南向北依次是大门，题匾“与天地准”。大门前有牌坊一座，榜书“太昊宫”，牌坊台基下当街处置两牌坊，东面榜书“继天立极”，西面榜书“开物成务”。入大门就是第一院落，有仪门和第二院落相界，匾题“文祖”。如仪门为第二院落，大殿雄踞其后，榜书“先天”，大殿东西两侧各有朝房一列。殿后为第三院落，有寝殿，榜书“太极”，东西两侧各有朝房一列。殿后为第四院落，有见易亭，亭前有池，池上架亭，构成了伏羲庙后面的园林建筑......