1979年8月，某个城市发生一起坠龙事件，大家发现一堆神秘生物骸骨。1956年北京昌平地下定陵玄宫之门被人类开启。1972年马王堆古墓中发现了一个千年女尸，皮肤肌肉保存完好。
1974年昆仑山地区又发现了一堆神秘的生物，1978年，生物研究所的一名教授独自一人进入昆仑山，获得重大发现。1979年组织大规模力量对该地区进行考察，发现两枚奇异的人猿头骨，就是来到昆仑山的这一年，才逐渐懂得每一个人来到这一世都肩负着自己独特的使命。
在发掘的过程中，3号洞窟尽头发生了莫名的爆炸，随后大家发现了一个连接未知的空间。
不知道为什么，男子隐约感觉到这次的爆炸以及将要发生的这段探险似乎是一条通往死亡的道路，但是年轻的人们必须义无反顾的前行。
这时候处长下令，由教授率领大家组成探险队深入昆仑山腹地，寻找有关古生物遗迹的秘密，却不料在这个过程中大家遭到不同神秘生物的轮番攻击，并意外坠入九层妖塔之中，除这位男子以外，其他人生死成谜。
他们遭遇了火蝠、未知巨兽，见到了九层妖塔，教授指挥他们去开启九层妖塔，开启之后所有人都发生了未知的异变，最终仅有男子一人幸存了下来。
男子退伍后回到北京时，神秘的馆长出现了，来了一个半路截胡，将男子直接带回到他的图书馆工作。在他工作的第一天，馆长带他前往一家非常时尚的西餐厅吃饭，偶遇了曾经的发小胖子。
入职不久后，在图书馆工作的男子时不时地会收到一个神秘人带来的鬼族文明的研究成果，于是他渐渐对鬼族渐渐有了了解和兴趣，却对神秘人是谁日益困惑了。
不久之后，男子见到了这个神秘人，并在神秘人与科考队两股力量的夹缝中重新踏上了探寻未知文明的征程，途中与女子Shirley杨再次邂逅了，这张熟识的面孔唤醒了他身处探险队那段日子的记忆。
原来在1982年2月，探险队的人们在最后一具石棺中发现了完全失忆的Shirley，她的身上还表现出了一些鬼洞族的相关特征。
紧接着，一个石油镇遭到了未知生物袭击，居民们伤亡惨重，大部分建筑物被毁，第二天石油镇从地图上就此消失了。
教授怀疑这是当年打开九层妖塔后，无意间打开了时空通道。
与此同时，被火蝠袭击肩部的男子血液遭到侵染，骨骼发生了变异，趋近于鬼族，而且时常发生剧痛，燃起蓝焰，不得不前往医院进行治疗。
他前往医院后，消失许久的他重新出现在大家的视线中。
馆长表明：守陵人的身份，他将男子与胖子带到了王子墓，并向他们讲述起上古的历史。
在一万多年前，地球上出现了一个新的种族，他们才是九层妖塔的真正主人，他们很快统治了整个地球。
就在人类即将灭亡的紧要关头，守陵人率领人类掀起了一场对抗异族统治的战争。
反抗军节节胜利，守陵人用自己的身体封印了九层妖塔，最终使人类获得胜利。
大多数异族被消灭，少数首领逃离地球，少数异族散落人间，他们开始与人类通婚，逐渐获得了人类的外形，并称自己为鬼族。
鬼族世代相传，只有重新开启九层妖塔，鬼族首领才能重返地球破解他们身上的死亡诅咒，每一个鬼族活到四五十岁的时候，都会莫名自燃。
而九层妖塔只有守陵人的后人才能打开，上一次在昆仑山的探险时，九层妖塔的机关已经开启，鬼族的人类在世界上各个角落渐渐苏醒。
探险队员的此行十分凶险，在还没来得及搞清楚Shirley的真实身份之际，他们三人率领一行人便在王子墓、石油小镇等地遇到了不明生物，这里所发生的一切再度指向了那座九层妖塔，而这次等待他们的，将是一个尘封已久的未解之谜。
6月17日，教授留下一张纸条“我往东面找水去”，便逐渐在沙漠里失踪了。Shirley恢复了意识，她要求带上男子继续前往寻找自己的父亲。
可是在西部的小镇上，Shirley似乎忘记了与男子的关系，与教授的另一个弟子表现地十分暧昧。
队伍又一次出发了，Shirley坦诚他并未忘记男子，但警告他小心那些人，他们还发现队伍中的人都携带了弹药箱，立刻明白事情不同寻常。
队伍在前行的道路上遭遇了沙尘暴，一路狂奔中，众人竟然进入了石油镇，一番清点，少了四个人和八匹骆驼。落后的四人遭遇了不测，两人已身亡，剩下两人骑着一辆自行车，一路奔逃，最终与大队伍会合。
大家回合后的第二天，Shirley突然离开了，男子紧随其后来到了石油镇大礼堂，结果发现礼堂一片狼藉，天花板上吊满了一具具尸体。
Shirley一跃跳上舞台，从一个地洞里消失了，鬼族怪物越来越多，其余众人来到了一个房屋上方做防守，这时胖子惊讶的发现子弹是银质的。
男子在礼堂下方的地道中发现了类似王子墓的建筑，Shirley再次出现在建筑中，命令怪物离开，并运用意念力将男子放入棺椁中。
意识模糊中，男子惊讶地发现自己来到了九层妖塔，并见证了神秘人控制着鬼族怪物，神秘人说Shirley也是鬼族一员，她要和男子做一笔交易，男子和Shirley一起进入九层妖塔彻底打开时空之门。
此时，队伍中的大多数人都已遇害，男子寡不敌众，Shirley不忍男子就这样死亡，出手驱散怪物，抱起了倒地的他。怪物看到Shirley后立刻退散了，九层妖塔也倒塌了，Shirley最后送出了一个诀别之吻，然后褪去了红袍，恢复原本之身，男子悲痛欲绝，将她放入王子墓的石棺中。
