临危不乱的大卫果断放弃了弗兰克的遗体,操控辅助舱打开了飞船的紧急出口阀门,又利用辅助仓的座位发射功能将自己发射进了飞船的过渡区。
这是一种非常危险的举动,但幸运的是大卫做到了,他反应迅速地将门关闭防止自己飞出去。
回到飞船的大卫愤怒又冷静地把赫尔的智能系统一一关闭,不管赫尔如何哀求都无动于衷。
当他拆完了最后一片硬盘时,一个屏幕上播放了任务中心在这趟旅程开始前提前录好的视频。

视频里的人假设他们此时已经到达了木星,全员苏醒的状态下,告诉了他们月球上发现的黑石碑秘密,他们相信在木星有其他的智慧生物存在,黑石就是证据。
这趟旅程的真实目的只有赫尔才全部了解。
大卫驾驶着飞船继续独自坚持着飞行到了木星区域,在这里他发现了漂浮在太空中的一块巨大无比的黑石。
当他驾驶着辅助仓靠近时,他惊讶地发现,这块黑石并不是物质体的客观存在,更像是一扇巨大无比的门。
不受控制的辅助舱被吸入了黑石之中,不知过去了多久,大卫仿佛穿过了漫长的时空,最终他到达了一个十分华丽的房间,在这里他度过了自己的一生,直到最后濒临死亡之时,他的眼前再一次出现了那个黑石。
通过黑石大卫变成了一个宇宙中的婴儿在宇宙中深深的注视着地球,全篇完。

这部电影剧情非常少,几乎有一半的时间没有一句对话,伴随着《蓝色多瑙河》悠扬的音乐向人们缓缓展开宇宙的壮丽图景,竭尽所能地展现人类对宇宙的无限想象。
如果观众在看过小说之后也许能够对这部影片产生更深刻的了解。
比如贯穿影片始终的黑石,它的比例是完美的1:4:9,在小说中,科学家们对这块石碑做出了所有可能的实验,然而这块石碑纹丝不动,遥远的更高等级文明用一块石碑便展现出了他们科技的强大。

库布里克则借由黑石表达了一种反进化论的观点,这是一种假设人类的智慧是由黑石进行“天启”后才获得的,而非经过漫长的岁月逐渐形成的。
地球上的黑石启发了人类的智慧,月球上的黑石的发现则表示人类智慧达到一定水平,最终将人类引向了木星的最后一块黑石触及宇宙的本源。
小说里其实最后的目的地是土星,但是由于土星的外围有一圈行星环,这在1968年想模拟出来难度系数有些高,于是便在电影中便将其改为木星。
影片最后宇航员大卫穿过黑石构建的时空隧道,到达了一间华丽的房子并在此度过自己的一生。

