大古在执行任务的过程中与GUTS队员七濑丽娜逐渐产生了情愫，两人发展成了情侣。GUTS队伍的其他成员也在经历了一众事情之后，纷纷获得了成长，队员之间也越来越相互了解。

后来，地球上再次盛开了“齐杰拉”花朵，在花粉的催眠作用下，所有人都沉浸在没有忧伤、没有痛苦的幻觉世界中，整个人类文明几乎要再次陷入了发展的停滞。三千万年前，人类选择了齐杰拉花朵制造出的虚假梦幻，抛弃了他们的守护神奥特曼，于是奥特曼离开了地球，因为他们只是单纯的光，无法干涉人类的选择。但是三千万年后的今天，既是光又是人类迪迦，做出了不同的选择，他消灭齐杰拉，让所有人从幻觉中清醒了过来，也拯救了人类文明：“什么才是真正的生命？努力地活完短短的一生，把成果留给后代继承，人类就是如此反复慢慢成长，这才是最棒的”。

随着时间的推移，地球上的异变越来越多，先是新西兰近海海底发生地底凸起，超古代遗迹露露耶现世，随后超古代怪兽“佐加”从这里苏醒。

作为大古的恋人，丽娜从他日常的行为中发现了大古就迪迦·奥特曼的事实，丽娜质问大古：“为什么要独自承受这些？难道奥特曼就有义务一个人承担起保护地球的责任吗？大古你一直这么孤军奋战，这样的事难道不是太不合理了吗？如果我能，我也想要变成光，想要和你一起战斗。”大古告诉丽娜：“这不是义务，因为我也是人类，我只是在做自己能做的事情。”随后，大古在丽娜的面前变身成迪迦，两人一起打败了佐加。恢复人形的大古走到丽娜面前，丽娜眼含泪光，满是温柔地对他说：“欢迎回来。”大古微笑着轻轻地回复她：“我回来了。”

但此刻，沉睡了三千万年的邪神“加坦杰厄”苏醒，它开始不断释放黑暗，也召唤出了更多的佐加对世界进行毁灭。

黑暗吞噬了TPC的日本总部，GUTS队只能先执行掩护基地人员撤离的任务。大古却在这时做出决定，他要一个人去面对邪神“加坦杰厄”。居间惠队长告诉他：“当我第一次看到奥特曼时，我以为我见到了神，觉得他可以把人类引向正途，但后来我才知道，原来奥特曼也是人类。所以，大古队员，你没有义务去面临一个你根本赢不了的敌人。你听懂了吗？”原来队长早就知道了大古的真实身份。

大古却说：“根本赢不了？我听不懂。”以此来表示自己的决心。

于是居间惠队长不再阻止他，而是感慨地说：“是啊，不知道从什么时候开始，我也变得不再相信命运了，你一定要赢啊，以人类的身份，迪迦·奥特曼。”随后大古在黑暗中变身迪迦，前往露露耶与加坦杰厄展开了最终的决战。

加坦杰厄拥有卷贝般的外壳，这让它拥有着超强的防御力，在战斗中，迪迦即使用尽全力攻击也无法对它造成任何伤害，反倒是自己的能量在一点点地耗尽。加坦杰厄用自己的触手和钳子锁住了迪迦，随后发射出强大的紫色能量光线贯穿了迪迦的身体，迪迦就这样被打败，失去光再次变回了石像，随后被加坦杰厄推入海底。

目睹这一幕的丽娜绝望地喊出了大古的名字，TPC与GUTS的众人才知道原来大古的真实身份就是迪迦·奥特曼。

人类再次像超古代文明一样，走向了灭亡的命运。挽救人类文明唯一的办法就是拯救迪迦，于是TPC决定利用光遗传因子转换器使迪迦奥特曼复活，在这一刻，所有的人都参与到了计划中，大家为了人类种族的延续走在了一起。

在执行任务的时候，海底唤醒迪迦的光芒被加坦杰厄察觉，于是加坦杰厄搅动海水，阻止了复活奥特曼的计划。世界各大新闻平台宣布了了救援行动失败的消息，全世界在那一刻都陷入了绝望。

但就在此时，世界各地的孩子们、丽娜都在心中诞生出了“迪迦一定会胜利”的信念，随后这些信念变成了希望的光芒，超越物理时空的界限，涌进了迪迦的体内。孩子们和丽娜的信念让迪迦成功复活，并且拥有了真正的光明力量，他的身体也进化成了“闪耀迪迦”变得更加强大。

迪迦和孩子们一起，发出了闪耀·哉佩利敖光线，破坏了加坦杰厄的外壳，随后又使出全力一击：闪耀·终极计时器闪光，将邪神加坦杰厄彻底毁灭。黑暗被驱散，光明重新降临人间，迪迦的身体也慢慢消失在了天地之间。

恢复人形的大古回到了大家之中，GUTS队员们一起迎接他的归来。丽娜第一个扑向他的怀里，紧紧地抱着他。缠绵过后，大古把用来变身迪迦，已经石化的火花棱镜交给了丽娜，火花棱镜在丽娜的手中逐渐消散，丽娜看向大古：“现在，你已经不能再变成奥特曼了吗？”大古微笑着告诉丽娜：“其实每一个人，都可以靠自己的力量变成光，丽娜你不也是吗？”

随后，在大家的倡议下，GUTS的全体队员照了一张所有人都洋溢着幸福笑容的大合照，迪迦·奥特曼的故事暂时就这样结束了。