某个漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，试图盗走一份神秘文件，文件中记载了包括英国MI6、德国BDN、美国CIA乃至美国FBI 等各国谍报机构的绝密数据。就在关键时刻，隶属于警察厅警备局的警官安室透带领公安及时赶到。几番交手过后，间谍驾车逃亡，安室等人则紧追不舍，期间连FBI探员赤井秀一也加入追捕行列。敌我双方在车流熙攘的高速公路上展开绝命追击，夜幕下的东京陷入前所未有的大混乱之中。千钧一发时刻，赤井打爆对方汽车的轮胎，逃亡者连同汽车跌落悬崖。
第二天，柯南一行人来到东都水族馆观光。在特色项目超大型摩天轮下方，他们发现一名受伤的女子。此时，该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们讨论时，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的*戮和混乱之中。
01:04 ~ 07:54组织x公安xFBI的打戏&秀车技
73:56 ~ 7:34秀一和透的对打
21.唐红的恋歌
大阪的标志性建筑日卖电视台，突然发生了爆炸事件。当时台内正在进行由引领日本百人一首界的“皋月会”所举办的皋月杯的会见录像，这一突然事态引发了大恐慌！服部平次与和叶两人被困在崩塌的大楼中，千钧一发之际被赶到现场的柯南平安地救出。这简直如同恐怖袭击般的事件，犯人的目的却完全不明，连犯罪声明都没有出现，对于这一不可理解的状况，柯南和平次无法抑制心中的不和谐感。
在这场*动当中，柯南等人遇见了一位主张自己是平次未婚妻的女性。她的名字是大冈红叶。据称是“平次自幼开始的命运之人”的红叶，是百人一首的高中生冠军，被称作未来女王的存在。和叶决定赌上平次向红叶挑战百人一首，拜颇具实力的平次之母静华为师，开始了特训的日子。与此同时，在京都·岚山的日式住宅中，皋月杯的优胜者被*害了。当时，*害现场的监控中映现出来的是红叶的身影。
柯南和平次与大阪府警、京都府警一起，开始了对和两起案件有关的皋月会的调查。不久，在调查过程中谜团接连浮现。随着谜团的解开，发现其中隐藏着“与百人一首有关的共同点”。大阪和京都，两起案件相连为一时，设下的命运的齿轮开始加速。
101:08 ~ 104:56平和名场面
22.零之执行人
作为东京峰会召开地的东京湾新设施“海洋边缘”。在峰会召开的5月1日有约2万名警察出动的这一超巨大设施，发生了大规模爆炸案！那里，有隶属于暗中掌控全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。秘密暗中出动的安室的神秘行动令柯南不禁感到蹊跷。
根据现场留下的作为证据的指纹，犯人被断定为曾在警视厅就职的毛利小五郎！与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对的柯南听说了过去安室曾将嫌疑人逼至自*的奇妙案件。随后在决定起诉小五郎的那时，在戒备森严的东京都内，同时爆发了多起难以理解的恐袭！
柯南和公安警察正接近着隐藏在案件后的阴谋，峰会召开那天也被确定是大型无人探测器“天鹅”完成在火星的任务返回地球的日子。究竟，迫近的日子会发生什么？神秘的安室透，究竟是敌人，还是伙伴？
137:13 ~ 143:05安室透名场面
23.绀青之拳
在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店附近发生了*人案。现场留下了怪盗基德沾有血迹的预告函。而在那时，为了观看在新加坡举办的空手道锦标赛，小兰和园子到访了当地。
由于没有护照所以无法出国的柯南本来应当在看家，但他被试图利用他的基德以魔术般的方法，强行带到了新加坡。若不服从对方就连回日本都做不到的柯南，眼镜、手表、衣服等全被夺走进行了变装。被没有注意到其真实身份的小兰问及名字，情急之下化名“亚瑟·平井”。
基德得到了在某个宅邸的地下金库中沉睡着蓝宝石的情报。他以为很简单就可入侵成功，但无比危险的陷阱等待着基德。挡在他面前的，是400战无败绩的最强空手道家京极真。在那之后，就如预兆着什么不祥之事一般，从新加坡的象征鱼尾狮中喷出了被染为鲜红的水！
32:20 ~ 34:07京极真vs基德
99:14~ 101:01京极真打戏(京园)
102:13~ 103:07京园名场面
108:48 ~ 109:06柯兰
