漆黑的夜空中，一艘海盗船骤然对商船发动了袭击，海盗们的目标不是掠夺财物，而是寻找一名叫希达（横泽启子配音）的少女。

此时，希达正被军方软禁，在混乱中她击昏了在请求援兵的穆斯卡（寺田农配音），并取回了自己被夺去的项链。这时海盗攻了进来，希达在逃跑中不小心从商船坠落下来，就在下坠时，希达项链上的宝石放出耀眼的光芒，神秘的力量使希达缓缓的漂向地面。

在矿场上一个叫帕祖（田中真弓配音）的少年接下希达，并将希达带回家中。希达在帕祖的房中发现了一张天空之城的照片，帕祖告诉她那是他父亲拍到的天空之城拉普达的照片，但没有人相信，他立志要找到拉普达证明给人看。

很快，海盗们又发现了希达，帕祖和希达搭上一辆矿车逃走，海盗们紧追不舍，路上碰到了军方的装甲列车，装甲列车开火将海盗打的落荒而逃，却同时将桥击碎，帕祖和希达从桥上坠下，半空中希达的宝石又发挥了神秘的力量，保护他们安全落入矿井中。

在废旧的矿洞中他们碰到了汤姆爷爷，汤姆爷爷认出希达所带的宝石是飞行石，只有天空之城中拉普达人才能做的出来，而希达此时也说出了自己的另一个名字：罗希达·多耶鲁·乌鲁·拉普达。

帕祖和希达离开了矿洞，但很快就被军队所围捕，两人被押到一座要塞中。在那里，穆斯卡带希达去看一个机器人的残骸，要希达说出找到拉普达的咒语。

希达以释放帕祖为交换条件，并骗帕祖以不需要他的帮助，让他快走。帕祖伤心的回到家却被海盗妈妈（初井言荣配音）和她的儿子们抓到，经过交谈，海盗们和帕祖达成了共识，他们驾上飞行器去要塞营救希达。

要塞中，希达想起小时候婆婆教的一条咒语，低吟后，飞行石发出耀眼的光芒，在地窖中的机器人苏醒了，开始对要塞进攻。穆斯卡调动炮塔攻击机器人，机器人被击中，希达的飞行石失落，危机时刻机器人帮助希达逃生，巨型战舰将机器人彻底摧毁，穆斯卡得到飞行石，知道了拉普达的位置。

帕祖和希达决定和海盗们一起去寻找拉普达，在和海盗们的相处中，他们感觉海盗们没有想象中那么坏。晚上，帕祖和希达驾驶滑翔机在高空监视敌情，突然前面出现了巨型龙卷风，飞艇和滑翔机被卷入其中，帕祖在狂暴的龙卷风中仿佛看见了父亲在指引他前进，终于他们冲入风暴中心到了天空之城——拉普达。