大蛇丸因为一心想要追寻世界的真理，，所以开始对禁忌忍术进行研究，他先后研究了二代火影的秽土转生，而且还对初代火影千手柱间的细胞进行了研究。但是在两种研究在木叶都是不被允许的。首先是禁术秽土转生，秽土转生的本质是把死者再次召唤到这个世界上来，而凡事都是有代价的。秽土转生的代价就是需要用一个活人来当牺牲品，所以这个忍术才会被封存起来。而大蛇丸的另外一个研究是针对初代火影柱间的细胞的。因为在大众看来，初代火影柱间之所以那么强大主要就是因为他有着木遁这个血继限界，而团藏想要重现初代火影的荣光，所以和大蛇丸一起进行了研究。他们在一百个婴儿的身体当中植入了柱间细胞，但是最后活下来的人却只有一个罢了，其余人都夭折了，无疑这又是一个十分残忍的研究，牺牲了九十九个婴儿才获得了一个柱间细胞的拥有者。而这个婴儿就是大和，在大和成长起来之后并没有初代那么强大的实力，这个实验也无疑是失败了的。而随着大蛇丸实验的展开所造成的伤亡自然也是越来越大了，最后被木叶发现了大蛇丸在进行禁忌的忍术研究。被木叶发现了之后大蛇丸不得不终止了他的研究，并且在最快的时间内逃离木叶。三代派了自来也去追捕大蛇丸，而自来也也是顾及到他和大蛇丸曾经的友谊所以放走了大蛇丸。

大蛇丸在离开了木叶之后，自己组建了势力，并且很快的发展了起来。大蛇丸不管是能力还是心智都是十分出色的，所以他组建的音忍村也很快变成了忍界一个小有名气的村子，而且没有人知道其实音忍村是大蛇丸创建的实力。在多年后，大蛇丸还派了音忍村的忍者到木叶去参加了中忍考试，大蛇丸对木叶的报复也接踵而来。

大蛇丸和砂忍村的人早早的达成了默契，想要在木叶中忍考试的时候发动趁机毁了木叶。但是大蛇丸却背叛了砂忍村，在风影前往木叶的路上偷袭并且*死了风影，然后大蛇丸利用了风影的身份到木叶观看了中忍考试，并且中忍开始快要结束的时候劫持了他的老师三代火影，和三代火影进行了一次激烈的战斗。但是他们两个人的战斗无疑是十分激烈的，大蛇丸也使用了他研究多年的禁术秽土转生，召唤了一代和二代火影一起进攻三代。三代最后还是寡不敌众，无奈之下也只能使用了禁术尸鬼封尽，把一代二代还有大蛇丸的一双手臂的灵魂都给封印了，大蛇丸颠覆木叶的计划也因此*。

其实大蛇丸的叛逃还是疑点重重的，按理来说的话其实大蛇丸完全是没有必要叛逃的，他的叛逃看起来更像是有一次被人幕后安排的行为。首先大蛇丸是三代的弟子，而且在三战当中立下了汗马功劳可以算是木叶的大功臣。再加上大蛇丸和团藏之间是有着默契的，大蛇丸所做的研究成果不少都落在了团藏的手里，不管是大和还是对柱间细胞的开发又或者是对宇智波一族写轮眼的培养，最后这些东西都变成了团藏的战利品，变成了团藏用来壮大自己的武器。