第二款神龟游戏，于1989年末登陆街机，街机版的标题依然是《忍者神龟》，没有数字和副标题，1990年末推出FC版，美版标题为《忍者神龟2：街机游戏》，表明街机移植的出身，日版标题为《忍者神龟：超级龟忍者》，从这一作开始，美版家用机的序号比日版多一代。本作彻底取消了ARPG元素，变为纯粹的卷轴清版过关游戏。
街机版四名主角的招式基本相同，平衡性经过新的调整，更为合理。普通攻击可能会自动变为秒*杂兵的投技，表面上看似乎是随机发动，其实在游戏内部隐藏了一个投技槽，槽满自动触发。A B键可释放秒*杂兵的必*技，拉斐尔的必*是翻滚踢，其他三名神龟则跳至低空用武器横扫。除此之外，神龟还可以在空中通过飞脚施展游击战术。相较当年的同类游戏，本作的手感不佳，命中效果偏软，却凭借特色成为街机厅的热门。四打框体的场面非常热闹，尝到甜头的KONAMI后来又推出了更热闹的六打街机《X战警》。
与前作不同，本作的风格忠实还原了87版动画的面貌，敌人从杂兵到BOSS几乎都是观众熟悉的老面孔，场景设计了大量互动元素，充满动感，比如杂兵会突然从下水井窜出来，把井盖当作武器丢向神龟，玩家也可以把井盖抽回去，让敌人自食其果，最终关卡科技大厦（Technodrome）更是充满了各类阻拦玩家的机关。音乐改编自动画的主旋律，效果出色。凭借画面、音乐、关卡等方面的优势，本作取得了巨大成功。
FC版限于硬件条件，只能双打，街机版的关卡得到延长，追加雪地和道场两个原创关卡，关底的BOSS白熊和机器将军由凯文•伊斯特曼亲自设计。KONAMI街机的FC移植版向来有口皆碑，街机的声卡更强大，然而FC凭借简陋的硬件实现更出色的音乐，打击音效也得到了加强。FC版的最大缺陷依然是招式，虽然手感更好，却删掉了投技和连续技，拉斐尔的专用必*也被取消，无法像FC版老四强那样成为青出于蓝的代表，颇为遗憾。作为赞助商，必胜客在关卡中设置了大量广告牌，美版首批卡带还附赠一张优惠卷，可以免费领取一小块披萨，成为经典合作案例。
《忍者神龟3：曼哈顿计划》（TMNT 3：The Manhattan Project）
FC原创作品，没有街机版。日版名为《忍者神龟2：曼哈顿计划》，美版则去掉了日版的选关和更改接关次数秘籍，主菜单调整难度和生命数的选项也变为隐藏。前作无法对敌兵连续攻击的问题已经被修正，可惜Normal难度下大部分杂兵依然是两下就挂（Easy难度则是一击死），用普通攻击打不出什么华丽的连击。下 B可将敌人挑至头顶，秒*普通杂兵，缺点在于分数较少，过于依赖这招，会削减分数奖励的生命数。游戏的流程很长，对于大部分玩家而言，充足的生命数依然是通关的最佳后盾。
四位神龟拥有不同的A B必*技，发动后扣除一格HP作为代价，若只剩最后一格，则不再扣除HP，可以无限连发必*技，但被敌人摸一下就挂了，需格外谨慎。3代的画面和音乐极佳，达到了FC的极限水平，BOSS数量从前作的9个猛增至12个，阵容之豪华为历代之最，流程也很长。3代发售时，SFC和MD已经登场，FC显露疲态，KONAMI却没有敷衍8位机市场，拿出了一款值得称道的原创续作，给FC末期的玩家留下了美好回忆。
