谢霆锋也突破了形象，在剧中饰演反派曹蛮，一向吃苦敬业的他，拍摄中也吃了不少苦头。《新少林寺》中有大量马匹奔腾的打戏，尘土飞扬让患有哮喘的谢霆锋十分难受，不仅过敏而且涕泪横流。不过谢霆锋还是发挥了自己拼命三郎的工作作风，毫无怨言，认真拍摄。

为了将坏人的影响演得更加入木三分，他还专门设计了一个非常变态的动作，那就是在水缸戏时当着侯杰的面舔他太太的脸，这个场景让人看起来非常不舒服，但是人物的性格一下子就展现出来了。

电影拍摄的时候正是冬天，吴京和释行宇这两个饰演和尚的演员就吃了大亏，他们光秃秃的头难以抵御寒冷，戏一拍完就立刻找帽子戴上。吴京还表示，自己虽然在零下三十几度更冷的地方拍过戏，但这里的冷更让人难以忍受，更为湿冷，寒气直接从脚底往上钻。这对他身体很不好，旧伤会痛。

除了天气寒冷，天气的阴晴不定也是拍摄遇到的巨大阻碍之一。拍摄时遇到过好几天的雨雪天气，每耽搁一天就要耗费更多的成本，导演陈木胜看着十分心急。他们为了加快进度，下雨天的时候就在屋里给武指排练，指导动作，这样拍摄时就会更加流畅，减少失误。