与此同时，博里可汗二世带领柔然部落卷土重来，名义是为父亲报仇，实则就是想要扩张土地以及掠夺金银财宝。

这次柔然有女巫（巩俐饰）相助，这位女巫也因学习武术所被大家抛弃，既没有家庭也没有国家，在遇到博里可汗二世之前是一位流浪者，只是为了找到一个归属，所以归顺在其麾下为其效命。他们一路攻城掠地，占领了许多城池。

与此同时远在国都的皇帝（李连杰饰）听闻了柔然入侵的消息大发雷霆，他要想当年打败博里可汗一世一样再次打败他的儿子，同时颁布法令，每一户家庭都必须出一名男丁参战。

此时的花木兰（刘亦菲饰）已经出落成一个亭亭玉立的少女了，但依然改不掉男孩子的性格，每天骑马打猎。