全国解放后，陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆西北五省区的国民党军胡宗南、马步芳、马鸿逵等残部骨干分子，纠集散兵游勇、惯匪等，组织成一支势力强大的土匪武装，对新中国的国家安全造成了极大威胁。甘肃境内有土匪67股，主要分布于临夏、河西走廊、陇东、平凉等地；青海境内有马步芳、马鸿逵残部近万人，活动于西宁西北、贵德东北等地；陕西境内有土匪40余股，主要分布在武功、安康和川陕边等地；宁夏的马绍武等股匪，主要活动于西吉、海原、固原等地；新疆的乌斯满、尧乐博斯等股匪，主要活动于伊宁、库尔勒和青新边等地区。这些土匪到处袭击城镇，组织暴乱，破坏民族团结。

为根除匪患，保障新中国的国家安全，人民解放军西北军区先后投入2个兵团、11个军、38个师另1个旅3个团的兵力进行剿匪作战。1949年10月至12月，甘肃、青海境内的股匪上万人，有预谋地发动了一系列武装暴乱，他们围攻临夏、定西，攻占西宁附近的湟中、大通等县城。人民解放军第1军三个师、第4军两个师和军骑兵团奉命分别赶赴战区，经过数十次战斗，平息了临夏、定西和西宁周围地区的土匪暴乱。从1950年1月至7月，西北军区对西北5省股匪展开全面清剿。1月初至2月底，解放军第19军第55师、陕西军区安康独立团、汉中军分区等部队，歼灭了陕南王凌云等股匪；1月中旬至3月中旬，解放军第1军第1师，第4军第11、12师，陕西榆林军分区第5团，伊克昭盟骑兵第5师等部队，分别剿灭了陕北高怀雄、张廷芝，甘肃马英贵、马镇中，青海马成贤、马老五和宁夏马绍武等股匪；4月中旬至7月下旬，解放军第2军、第5军、第6军各一部和战车团等部队，进剿新疆乌斯满、尧乐博斯匪部，捣毁其大小红柳峡、黑山头等巢穴，乌、尧匪部绝大部分被歼；5月至7月，驻甘肃、宁夏、青海部队，先后在平凉、西吉、海原、固原、临夏等地区，平息了马元山、马保元等股匪策动的多次暴乱，歼灭土匪数千人。

此后，西北军区的主力部队转入生产。这时，被击溃的土匪又重新拉起了队伍，他们利用宗教、民族等问题煽动暴乱。1950年5月西北军区再次发出剿匪指示，各剿匪部队实行分片包干，协同作战。截至1950年7月底，全区共歼灭土匪7万多人。1950年8月至1952年底主要是清剿中、小股土匪。此时，西北地区漏网的中、小股土匪尚有212股，计1万多人，大部分活动在各省边缘山区，他们乘朝鲜战争爆发之机，企图东山再起。按照中国共产党中央委员会西北局和西北军区的统一部署，各地驻军与地方政府组成“分区联防围剿指挥部”，对省际、县际和大行政区之间的土匪，实施联合军事清剿和政治瓦解。从1950年8月起，解放军骑兵第6师、步兵第8师和平凉、庆阳军分区等部队1.5万多人，在宁夏的贺兰山、西吉、隆德等地和甘肃河西地区，反复清剿郭栓子、马彦彪、马国援等10多股土匪。历经1年又8个月，歼灭土匪2000多人；解放军第1军、第2军、第3军、第4军的骑兵团，骆驼兵团和步兵第27团，由第3军军长黄新廷指挥，从1951年1月下旬至3月会剿窜入柴达木盆地的乌斯满、胡赛因等残余股匪，将其全歼。1952年5月，解放军第1军及青海军区的8个团，经过17天连续围剿，剿灭青海贵德昂拉地区的项谦股匪。这一阶段，西北全区共歼灭股匪5800余人，受降土匪近万人。

1952年12月，西北军区召开剿匪会议，作出了彻底肃清西北地区残匪的部署。1953年上半年，西北军区调集126个连1.9万多人，在西南军区5个团又1个营的配合下，围剿甘青川交界地区的马良、马元祥匪部，全歼马匪1600多人。与此同时，解放军部队在新疆境内歼灭残匪3700余人。到1953年7月，西北地区大规模剿匪作战结束，股匪和残余散匪基本肃清。

三年多的西北剿匪作战中，西北军区剿匪部队共歼灭土匪9.09万人，缴获各种炮80余门、各种枪3.5万余支(挺)，巩固了新中国政权。