该剧剧情烧脑，多方的各自算计、套路有逻辑有条理，情节严谨，角色特点鲜明，但作为“卧底”剧，一某些桥段难免与港剧、韩剧有点雷同，这也造成很多人一味的为剧情打低分，导致该剧目前只有6.4的评分，更多的网友都认为该剧被明显低估，7.5上下的分数才是该剧真实的水准。

《卧底归来》故事真实感强，主要演员表现都非常优秀，是一部很好看的群像大戏。剧中对人物的内心世界进行了浓墨重彩的描述与刻画，打破了好人坏人“卡片式”的人物设定，不看到最后一集，你都不知道谁是真正的反派，猜不到结果。还有一个小插曲，在该剧最后一集的结尾，一段字幕让观众苦苦等待了几年，但至今仍未得到结果；这句话也成为了大家吐槽攻击的对象，但也是从一个角度证明了本剧在观众中的受欢迎程度和它营造的良好口碑。