整个故事分两条线索进行，一条是以过去的AFRO SAMURAI的成长为线索，一条是以现在的AFRO SAMURAI的复仇之路为线索，两条线索交叉进行，使得各种情感上的碰撞更加激烈。

一方面是师兄弟的情同手足，一方面又是师兄弟的成仇反目；一方面是曾经的宁静平和，一方面又是现在的躁动*戮。为了复仇，AFRO SAMURAI不惜亲手*死养育栽培自己多年的恩师以及视他为兄弟的基诺，并害死了自己的同门师兄弟以及心爱的女人。

这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，*死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。

无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。