派出所作为公安派出机构能不能查封商铺，这要区分不同情况而定。如果派出所因侦破案件的需要，并且程序合法，持有搜查查封的相关手续，那么可以查封商铺，这是合法的。

如果派出所不是因为侦办案件，且手续不全，程序违规，则不能查封商铺。如果查封则属违法行为，商铺店主可向其上级公安机关予以申诉要求撤销违法查封。

如果从治安管理处罚法的角度，派出所有此权利，但是就一般情况来说，派出所没有权利查封店面。处罚行为应当与违法行为相关联和匹配,处罚对象也应当是违法行为本身,如果他们有这样的行为,应当出具相应的处罚决定书,无任何凭据和依据的,无权查封。

收到处罚决定后,如果认为处罚违法,可以向上级复议或者提起行政诉讼。