三大势力中海军本部存在较大断层（不是全断），虽然两年前的牛气冲天的中将和两年后被虐中将不是同一批人，但WT的确有意识的制造出来断层。例如鼯鼠被女帝石化全体海兵；鬼蜘蛛作为五位护送中将带头的和麦哲伦一副平起平等的感觉；甚平庆幸中将以上高手不在；白胡子旗下避中将锋芒；鬼蜘蛛鼓舞士气；道伯曼质问红发的中将高B格时代过去了。海军本部总体实力表现上弱化。

断层的合理性：其实很简单，海贼不会挑战海军，但会挑战其他海贼。所以海贼不断进行“超越之战”，而海军可以怂，需要考虑大局，可以选择撤退。所以赤、青、黄这些怪物成了大将实力，而中将就止步中将实力。

三大势力的描述中明确提到因为海军本部、王下七武海、四皇的存在，伟大航路别名海贼的坟场。为什么不说海军？因为海军是世界性的组织，而海军本部是海军特殊的一部分，四海海军低本部三个级别，本部有时会派人去四海。

本部还有至少5个支部，同样区别于四海海军，也是本部的一部分。另外，海军本部有时也作为地名使用，比如在海军本部开战，前往海军本部等等。海军也区别政府其他部门，比如海底大监狱、CP不是海军管辖的。

可以说大规模战争他们会帮忙，会配合，会一同拼*。但在三大势力的比较，特别是实力比较时是不能计入的，可以算作世界政府实力，再明确政府是海军的后台，但因此得到海军，海军本部实力多牛的结论是不合适的。