乍一看嵌合体实验是以人类发展为名进行的科学实验，而事实上它却存在着严重的伦理问题，且有着许多不可控因素的存在。

虽然嵌合体实验初衷是好的，但若是实验成功，其所诞生的新型物种究竟是什么？是人还是猴子？

如果新型物种是人，那么活体移植器官的行为，是否等同于*人？而当拯救一个人的性命需另一个“人”为此付出生命时，那这类研究又有何存在的意义？

而若是猴子，那么将猴子的器官移植到一个人的身体里，从伦理上来讲，当事人是否能够接受，而他又是否能够被称之为一个完整的人？

这些问题一直是当下嵌合体实验包括动物杂交实验无可避免的伦理问题，也是世人最在乎的问题之一，除了思考究竟是人是猴以外，还有着一个极有可能发生的问题——诞生的新物种有智慧、有独立思考能力，更可怕的是会说话！

要知道，灵长类都极为聪明，且都具有社会行为。例如猴子，它们的生活除了没有科技化工具，实际上和人类几乎没有区别，会社交、有领地意识、会用工具、有族群意识，一旦猴子有着等同于人类的智慧，那么在领地意识以及野兽天生强于人类的身体机能下，人类与动物的大战将一触即发。

而电影《猩球崛起》中出现猩猩攻击人类、使用工具、武器占领人类领土、创建一个王朝的情况，或许将变成现实。

不仅如此，两个物种间的嵌合很有可能导致基因病毒出现，就好比艾滋病。

1981年6月，美国疾病预防控制中心首次于《发病率与死亡率周刊》上记载了5名艾滋病病人的病例报告，而这是世界上有关于艾滋病的第一次正式记载，1982年这一人类免疫缺陷病毒也被命名为艾滋病。