草豆蔻是祛寒药，性味辛温，归脾、胃二经。草豆蔻以治里寒证为主，主要的功效是健脾燥湿，温中止呕，可以治疗脾虚湿滞之食欲不振、消化不良和寒湿郁滞之胃痛呕吐。白豆蔻与草豆蔻性味相同，也能理气止呕，但草豆蔻偏于健脾燥湿，白豆蔻偏于理胃气而温燥性较差。

肉豆蔻是固涩药，性味辛温，归脾、胃、大肠三经。肉豆蔻以固脱收涩为主，主要的功效是理脾暖胃，固肠止泻。可以治疗脾胃虚寒之腰腹满闷，冷痛，食欲不振，呕吐，久泻久痢，肠滑不固等证。肉豆蔻与诃子加入参苓术草治气虚泄泻，有健脾补气和收涩止泻的作用。

草豆蔻和肉豆蔻入药部分都是果实，性味相同，也都能温中健脾，可以治疗胃寒气滞之脘腹胀痛、食少呕吐或泄泻证，但草豆蔻长于暖胃寒，止呕吐，为中焦之药，兼能芳香化湿而止呕，宜于湿阻中焦，胃寒呕吐者；肉豆蔻温中兼具固摄，善涩肠止泻，偏治大肠部之久病寒泄，为中下焦之药，五更泻尤效，兼有行气止痛之功，宜于脾胃虚寒、久泻不止者。