再从地理位置上看，三峡江段位于长江上游的下段，属于承上启下的过渡河段，鱼类的组成更具有多样性，长江上游和江淮平原鱼类的典型类型在这里交错出现。可以说，三峡鱼类是长江鱼类的典型代表，也是核心的组成部分。

由此可见，三峡江段就如同一座鲜活的“水生生物博物馆”，它的辉煌和特殊的地理、自然环境是分不开的。

三峡是我国的生态宝库，国内专家对宝库中的鱼类展开过多次调查，比较典型的调查有三项，每一次都记录了三峡鱼类的总种数以及外来鱼类的种数。

第一次调查是在20世纪80年代末，此时的三峡水库还未建成蓄水，三峡江段作为一个天然河段存在，全年畅流无阻，鱼类的构成保持着纯天然的特征。首次调查发现了148种鱼，其中外来鱼类只有2种，并且还是麦穗鱼和食蚊鱼。二者都是小型的杂食性鱼类，个体竞争能力较弱，它们的存在对三峡土著鱼的影响较为有限。

但到了2005~2008年的第二次调查，局面开始发生转变，此时的三峡水库正处于试运行期间，水质变动剧烈，原始的鱼类结构遭到冲击。一方面，大坝试验性蓄水导致坝前水流变慢，一些喜急流水的鱼类陷入不利境地，生存空间被压缩；另一方面，大坝的阻隔改变了江水的连通性，导致亲鱼无法在繁殖期内回到产卵场，其结果是洄游性鱼类迅速减少。

最终，这次调查只发现了117种鱼类，为历年调查的最低值。出人意料的是，外来鱼类不仅没有减少，反而增加到了8种。专家分析，这可能是因为三峡水环境剧烈变动，土著鱼的生态位出现严重空缺，加之库区透明度升高，藻类增殖旺盛，食物资源丰富，客观上为外来鱼的定居、繁殖提供了有利条件。

第三次调查是在2017~2019年，此时的三峡水库又发生了变化，蓄水水位抬升至175米，使江面变宽变广，水量增多，水体空间增大。随着鱼类群落趋于稳定，科研人员采集到的鱼种数量再度回升，达到了149种，但物种的增多很大程度上源于外来鱼类的“贡献”：调查发现的外来种达到了20种。