苏北灌溉总渠西起洪泽湖高良涧，东经淮安穿京杭运河，下经阜宁至滨海、射阳两县交界的扁担港入黄海，全长168公里。设计灌溉流量500立方米/秒，排洪流量700立方米/秒。渠底宽自上往下有140、50、60与110米4种，一般挖深与堤高各为 3米左右。渠首设高良涧进水闸、船闸及发电站。在京杭运河交岔处设运东分水闸、船闸、发电站及京杭运河上的淮安节制闸、船闸和江水北调的淮安抽水站。在东沙港附近建第三级控制阜宁腰闸枢纽。入海口设六垛南闸，以防潮御卤。高良涧至淮安段总渠为淮河上中游与京杭运河航运纽带，也是南水北调东线输水干渠重要组成部分。

淮河入海水道自洪泽湖二河闸起，沿总渠北侧挖河筑堤与总渠两河三堤并行入海。河底宽210至324米，外堤脚距750米。洪泽湖泄洪的控制运用，按照先入江，后入海，洪泽湖蒋坝水位14.5米启用分淮入沂和周边滞洪的顺序。入海水道在蒋坝水位13.5米以下服从渠北排涝，根据渠北排涝和上游来水情况，采取蒋坝水位13.5～14.0米启用分洪。

淮河入海水道二期是在一期基础上扩大下游洪水出路，减少洪泽湖周边滞洪区运用几率，提升渠北地区排涝能力，并为航运创造条件。包括五个部分。河道工程：二河闸闸上引河扩挖2.5公里，二河闸闸下至海口枢纽扩挖河道深泓长度162.3公里。堤防工程：加高加固堤防317.6公里，北堤退建堤防21.62公里，南堤防渗处理68.1公里，堤防护坡233.61公里，河坡防护265.9公里；新建堤顶防汛道路320.3公里。枢纽工程：扩建二河枢纽、淮安枢纽、滨海枢纽和海口枢纽，拆除原淮阜控制闸，新建淮阜漫水闸。穿堤建筑物及桥梁工程：修建穿堤建筑物28座，处理跨河桥梁17座。影响处理工程：新建泵站9座，扩建泵站3座，拆除重建南八滩挡潮闸；疏浚河道125.65公里，新拆建小型建筑物146座。最终挖出一条平均底宽超300米、平均挖深6米、总长162.3千米的河道。

灌溉总渠是60年代几十万人人工挖的，径流量只有1000立方每秒。入海水道一期机械挖的，径流量是2000立方每秒。水立交是大运河和入海水道的交叉口，上面大运河可以正常走船，下面入海水道单独行洪。总渠和入海水道区别在于功能不同。淮河入海水道河床设计的比总渠低，双河道同时平行可以保证非行洪期不会降低运河水位。同时灌溉渠挖太深抽水灌溉成本也大，所以两水道并行一深一浅。