最近收到一些客户疑问,为什么现在做CUT&Tag技术的人更多?ChIP-seq还有必要做吗?
ChIP-seq作为研究蛋白质与DNA互作的经典技术,迄今为止仍然被大多数的客户在使用且在文章见刊。但是CUT&Tag作为该研究的新秀,也是崭露头角,光芒正盛。当然,小翌觉得CUT&Tag技术这个新秀光芒正盛,是自身实力也有市场发展需求的影响。
CUT&Tag技术于2019年问世,问世以来,受到热捧。但是最初,CUT&Tag技术有被质疑,原因在于,CUT&Tag技术在做一些转录因子时,结果不太理想,导致一些声音怀疑CUT&Tag实验是否适用于转录因子。但是果真如此吗?目前报道的CUT&Tag成功实验的转录因子已经很多,包括CTCF、RNA polII、SOX15、RUNX1、JUN、CCKBR等,甚至G4结构、R-loop的也能成功实验。
那为啥CUT&Tag做转录因子就这么难?
那么,转录因子用ChIP-seq方式来做就不难么?
转录因子本身做ChIP-seq实验成功率就不高,需要优化实验条件,那为啥CUT&Tag实验就不能去做优化?
扯远了,回归话题,CUT&Tag技术为什么越来越受到重视?
前面说到了CUT&Tag技术的技术实力:不仅组蛋白修饰能做好,转录因子也能够很好实验。另外,CUT&Tag技术实验背景信号低、实验重复性好、实验操作时长短等等,都是优势。
除此之外,CUT&Tag技术还能迎合市场需求,像现在较为火热的单细胞技术、空间组学研究等,CUT&Tag技术都能与之配合。同时,CUT&Tag技术还能同时做多个靶点研究。
01
空间CUT&Tag研究
图1.空间CUT&Tag实验流程及验证标准
(From Deng Y, et al. Science,2022)
02
单细胞CUT&Tag研究
图2.小鼠脑组织的scCUT&Tag不同组蛋白修饰图谱
(From Bartosovic M, et al. Nat Biotechnol. 2021)
03
CUT&Tag单细胞多组学研究