明代农安交通图

明太祖洪武元年(1368)，朱元璋建立明朝，当时黄龙府是一座废城，属开原北陆路的一个驿站，名龙安站。驿站的任务是：飞报军务，传递文报，运送贡赋，赏赐和运输大批物资。同时，驿站在乘送来往公差、朝贡官员方面也担负着重要任务。如承担朝贡、贸易人员安全、押送囚犯等。

明经过几年的征抚控制了辽东，同时也使这一地区的经济遭到更大破坏。洪武八年(1375)，黄龙府属辽东都司的三万卫(与元朝开元路所管辖区域相同)，是当时辽东地区冶铁中心。三万卫也是明北部和建州女真关联较多，比较重要的一卫。三万卫最初是“鸭绿江以东的斡朵里(今珲春地区)立卫”。三万卫建置不久，因“粮饷困难"就徙到开元(今开原北老城镇)，新迁的三万卫地也很重要，这里不仅是明代粮食储存地、冶铁所，也是明代在辽东地区开设的“马市”之一。明中叶黄龙府属兀良哈三卫，明末属蒙古科尔沁部，成为游牧之地。

清初，黄龙府所在的东北地区已因明清间战争遭到严重破坏。直至光绪十五年(1889)，重新设农安县，分十二社日康惠和勤俭乐裕丰祥三台平略，隶长春厅。分防照磨移设靠山屯，翌年分防昭磨由靠山屯移设朱家城子(今德惠市)。