他们决定逃到基地的另一面，然后炸掉现在这艘飞船，在此期间，小莉发现了军方的实验室，这里存放着克隆失败的实验品，一个个样子狰狞恐怖，此外还有一个小莉的半成品，她已经具有人的意识，只不过失败的她痛苦不堪，请求小莉结束她的生命，小莉看到这些痛苦万分，她拿着火焰枪直接烧毁了实验品，接着他们来到军方的孵化室，被抱脸虫寄宿的人类多都已死亡，只有一个眼镜男还幸存于世，小莉告诉他，你的体内已经被植入了异形幼虫，几小时后就会破体而出，到时候你也会痛苦的死去，眼镜男问为什么你会知道这么清楚，小莉回答，因为我是异形他妈，我去，这回答简直屌爆了。

大眼妹则准备把眼镜男带走，在破体之前冷冻起来，或许还有生存的机会，另外，现在正是缺人手的时候，之后大家潜水游过厨房，而此时异形也跟随而来，尽管解决了一只异形，但一名队员还是被异形掳走，其余人员费劲力气打破了水面的隔膜，却发现这里遍地都是嗷嗷待哺的抱脸虫，感觉是异形早就知道他们计划，然后提早设计的埋伏，不过这个埋伏有点送经验的意思，一名队员一炮直接炸毁所有的异形卵，这时候水下的异形也追了上来，奸诈的军方博士，骗取大眼妹的信任，回头一枪崩死了大眼妹，逃离之际还把机关锁死，留下其他人阻止异形的追赶，是不是好贱，在雇佣兵们娴熟的配合之下，异形被*，几名队友也跟着牺牲，而此时之前被枪击的大眼妹则如神般降临，帮众人打开机关逃离出去，大家都觉得不可思议，原来大眼妹是一名生化人。

这个生化人比前几集的生化人更加人性化，另外他们还有一个控制电脑主机的技能，大眼妹拔掉身上的痣，插上接口，就可以直接连接飞船主机，获取飞船的一切信息，此时飞船的能源系统出现故障，无法自行引爆，只能将飞船撞毁，而在飞船的另一端，博士准备控制飞船，结果却听到大眼妹的声音，大眼妹直接把博士的地点报给敌方异形，狠狠得坑了博士一把，该，出卖队友就该有此下场，接着电影才进行到真正的高潮，在飞船的通道里，小莉被异形直接掳走，这时雇佣兵已经成功逃到一艘飞船上，准备开船离开，这时候命硬的博士再次出来刷存在感，这时被寄宿的眼镜男全身颤抖，直接变身成为丧失，不顾一切得朝博士奔去，他紧紧抱住博士，利用异形和这个家伙同归于尽，惊吓过度的雇佣兵直乱枪打死异形幼虫。

在异形的巢穴里，一名科学家还在惊叹异形的新能力，前面我们说小莉得到了异形的基因变得强大，这里异形女王也直接获得了人类的基因，直接从卵生动物进化成哺乳动物，结果女王就直接生出了一个异形，一个具有人脸异身的新品种，逆种，，这个逆种也是个熊孩子，刚出生就直接一巴掌拍死了异形女王，然后把小莉当做自己的母亲，小莉心想老娘才没有你这种变态孩子，转身赶紧逃走，狂奔几百米跳上了逃生飞船，原以为事情已经结束，没曾想逆种爱母心切，直接跟了过来，解铃还须系铃人，最后小莉假装爱抚逆种，然后用强酸血液在船舱玻璃上制造洞口，超强的气压下，逆种被直接吸了过去，慢慢的，感觉身体被掏空，有那么一瞬间，看这个逆种的表情还有一点小可怜，之后他们一船人抵达地球，自此电影结束。