但这一时的宁静终究被打破，军方随后也到达了天空之城，他们疯狂地掠夺着财宝并要挟希达，让她协助他称霸世界。

为了阻止军方，希达抢回飞行石，和巴鲁一起念起了毁灭天空之城一切的咒语。咒语生效后，天空之城解体，邪恶和助纣为虐的武器系统化为火球坠入海中，而使拉普达漂在空中的巨大飞行石结晶载着拉普达的生命之树，上升到天空的尽头。

电影无论从象征符号设计还是故事情节上，都透露着作者对于战争的厌恶与批判，并且，导演宫崎骏尽力以艺术化的表现手法去温柔地展现那段日本二战的不堪历史，在美好画面的背后深藏着导演引导观众反思从前的勇气和初心。

作为一个在亚洲乃至世界都颇为杰出的动画创作者，宫崎骏开创性地将动画的娱乐性和深邃的思想性做了巨大的创新与融合，不仅保有了日本动画最初的精髓和本色，而且又将传统动画电影的隐喻和象征巧妙地放入故事中去。