重庆市有维管植物153科，640属，6000多种，其丰富程度仅次于云南、四川而居全国第三，有各类经济植物5000种以上。按其经济用途，可分为药用植物、油脂植物、芳香植物、鞣料植物、染料植物、淀粉及糖料植物、纤维植物、野生观赏植物和野生食用菌等类。重庆市分布有国家一级重点保护野生植物9种，主要有珙桐、银杉、红豆杉、南方红豆杉、伯乐树、水杉等；国家二级重点保护野生植物40种，主要有楠木、香樟、鹅掌楸、连香树、金毛狗等；重庆市重点保护野生植物46种，主要有荷叶铁线蕨、巴山冷杉、崖柏、缙云黄芩、金佛山兰等。

重庆市是中国重要的中药材产地之一，大面积山区生长的野生和人工培植的中药材有黄连、白术、金银花、党参、贝母、天麻、厚朴、黄桕、杜仲、元胡、当归等，石柱土家族自治县黄连产量居全国第一，是著名的“黄连之乡”。