在督抚地方官制化以后，总督巡抚成为地方最高军政、行政长官，从而地就拥有了这一方面的职之权。
4、总督巡抚的职权总督的职权，据《清朝通志》称是：
“掌综治军民，统辖文武，考核官吏，修饬封疆。”
《清史稿》云：
“总督掌厘治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆。三年大此充监临官，武科充主试官。”
对于巡抚的职权，《清朝通志》称：
“掌宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊。”
《清史稿》云：
“巡抚掌宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，考核群吏，会总督以诏废置。”“其三年大比充监临官，武科充主试官，督、抚同。”
总督巡抚总掌地方军政、行政大权，除履行兴民教化、整风调俗、赈灾保甲等职责外，主要包括如下几个方面：
（1）监督任用官吏之权。
实际包括四个方面：
一是保举权。
督抚保举权起于清初，顺治十二年（公元1655年）曾令督抚和在京满汉三品以上堂官保举知府缺。
康雍乾三朝皇帝也多次诏令督抚保荐人才。
雍正在诏京外大臣荐举道府州县“亲民要职”，扩大督抚保养对象的同时，也规定了荐举数额：
总督举三员，巡抚举二员，皆“密封奏闻”。
可见保举官员是督抚的重要职权，但在范围、人员方面是有控制的。
二是对文职道、府以下，武职副将以下官员的题补和调补缺权，即上述文职缺出，本省督抚有权拣选应升应调之员，以题本或奏折的形式向朝廷题请补授。
在武职副将以下的题补缺权中，还有一项“预保”权，即湖南、陕西、甘肃、四川、广东、广西、云南、贵州、福建九省督抚得将题缺内的参将以下武官于未出缺前，预先保题，由兵部引见注册。
三是对全省文武官员的监督权，即三年大计，由督抚对属下官员出考具题，报送吏部。
出考具题，即依业绩给所属官员定出卓异、供职、劾三个类别。其中划人“劾”类的知县以上官员，六个月内由督抚给咨送吏部引见。
在每五年举行一次的“军政”考评中，由总督巡抚提督对各省绿营副将以下千总以上武官进行考核，按才技、年力、驭兵、给饷等方面给予评定。
四是每逢大比即乡试，总督与巡抚共同充任监临官，武科任主试官。
（2）节制绿营军队之权。
雍正朝修的《大清会典》说：
“国家设将帅之臣，以守封疆，又遣都察院堂官为总督、巡抚以统率之，总督节制全省，巡抚专司粮纳而赞理焉。”
由此可见，总督巡抚军事权力有所偏重，即总督主军政、巡抚专司粮饷，负赞理之责。
然而在事实上，为尽快处理省内突发事件，朝廷也经常命巡抚，尤其是不设总督之省份的巡抚兼管军务。
如康熙八年（公元1669年）九月准康亲王杰书等议：
“文武既分职掌，巡抚例不管兵，但有未设总督之省，如遇军需急务提督总兵官仍应会同巡抚料理”，并令“副将以下武职官员若有贪酷、殃民、侵饷等事，亦应巡抚察实题参。”
九年四月又命：
“各省巡抚不必概令管兵，其不设总督提督各省份，副将以下各武官令巡抚兼辖。”
在这里，巡抚兼辖军务还仅限于不设总督提督之省份，且事权较轻，还仅限于参与军务，监督副将以下武职官员等方面，并无督兵进剿之职责，也不得檄令提督总兵发兵灭寇。
这种设置，意在使巡抚职权有所侧重，但在运作中也带来种种不便，正如乾隆十二年（公元1747年）谕旨所指出的：
“军务关系綦重，巡抚与通省营弁不相统辖，从前抚、提各持意见，公文遂致掣肘。”
为克服这种状况，雍正十二年（公元1734年）谕山西巡抚管理山西提督事务；乾隆年间又先后令河南、山东、贵州、江西巡抚兼提督衔；嘉庆时又定安徽巡抚兼提督衔。
这一兼衔的意义在于：
改变过去部分巡抚不能参与军令和只能监督副将以下武官的情况，赋予这部分巡抚“节制”“稽察”省内绿营之权，即“通省武弁听其管辖”、“节制通省兵马”、“节制通省营伍”之权。
在明确督抚分驻省份巡抚军事权限的同时，还进一步确定：
“总督兼辖省份，由巡抚署考会题，校阅防剿，定为专责”，即总督兼辖省份之巡抚也具有监视考核武官，参与练校阅绿营，会同防剿等军事权力。
督抚的军事权，包括节制、统领、调遣三个方面的职权。
节制，即管理、督察省内绿营之权。
据罗尔纲先生研究，节制顺序为：
总督可以节制辖区内的巡抚、提督、总兵；兼提督之巡抚节制辖区内各镇；不兼提督之巡抚则有监视提、镇的职责。
包括监督武官权(有定期举行的，如五年一次的“军政”，还有不定期举行的)；题调黜免武员权（武员自副将以下，得由督、抚奏请黜免，其副将以下的题调缺，也都由督抚奏请题调)；疏定营制权（凡营制的建制，或其间随时度务，因革裁复等事宜，都由督抚奏请颁定)。
统领，即统领所属绿营之权。
清代绿营分标、协、营三个系统，总督和巡抚都有自己所属的军队，称督标或抚标，数量各省不同。
督标多的如两江，达9000余人，少的如湖广，仅1000余人，平均是4000人左右。抚标一般为千余人。
这些是直属总督巡抚并为其直接调遣的军队。而对于标之下的协、营、汛各军队，虽无“从属”关系，但也有“统属”的权力，即“标”有权统属辖区内之各协、营、汛之军队。
