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清朝皇帝派出总督巡抚大员，最初常常是“值其事其地用兵者设之”。

如顺治六年（公元1649年）八月给事中姚文然奏：

“北直接壤山东、河北一带，盗贼日炽，商贾不前，耕桑失时。兵到则东剿西遁，兵撤则勾连复起。由地势接连，两省兵粮各有分疆。巡抚无调总兵之事权，总镇亦无越境穷追之剿法。若仿江南川湖陕西之例，即将真保巡抚改为总督衙门…”从之。

顺治十年六月又有谕曰：

“湖南湖北疆界辽阔，军务甚繁，著祖泽远（湖广四川总督）专督湖广，其四川兵马钱粮，皆从陕西调发，境壤相连，著孟乔芳兼督四川”，遂设湖广与川陕两总督。

派遣总督巡抚的事由，以军事为多，即调度兵马，其次是举劾官吏，察吏安民。

加以督抚属于由中央派出的差遣官，所以常以“兵部右待郎”、“右副都御史”或“兵部右待郎兼右副都御史”的名义派出，在此基础上逐渐形成了督抚兼衔制。

不过在顺治朝，这种兼衔还不固定。

如在总督的派遣上就有：

顺治元年（公元1644年)六月，令前明太子太傅左都督骆养性以原官总督天津等处军务；

七月，以吴孳昌为右佥都御史总督宣大山西处，兼管巡抚；

二年五月，以王文奎为兵部右待郎兼右副都御史总督淮扬；

闰六月，以内阁大学士洪承畴总督军务抚江南各省等等。

在巡抚的派遣方面，多数是以“右佥都御史”或“右副都御史”名义派出。

但值得注意的是：

顺治六年以林起风为兵部尚书兼右副都御史巡抚凤阳；

顺治二年七月以潘士良为兵都右待郎兼右佥都御史抚治郧阳；

顺治六年五月，以郭肇基为兵部左侍郎兼右副都御史巡抚广西。

总之，顺治一代，督抚兼衔还不固定。

总督巡抚兼衔是随着督抚设置的完善化面走向固定化的。

其中重要的定制是四次，康熙三十一年（公元1692年）题准：

总督由侍郎补授者，原系左侍郎，改为兵部左侍郎，原系右侍郎，改为兵部右侍郎、兼都察院右副都御史；由巡抚补授者，应升为兵部右侍郎兼都察院右副都御史。

雍正元年（公元1723年）又议准各省督抚兼衔：

川陕总督、两江总督俱授为兵部尚书，兼副都御史，其余总督俱照旧例。侍郎、副都御史、卿员、布政使补巡抚者，俱授为右副都御史，佥都御史补巡抚者，改为右佥都御史，由按察使擢补者，亦授佥都御史。

至乾隆年间，又有二次重要调整。

一次是乾隆十三年（公元1748年)确定：

(1)川陕两江总督，不论由何项官员补授者，俱为兵部尚书，兼都察院右都御史。

(2)其余各省总督，由侍郎及别项官员补授者，俱改为兵部右侍郎，兼都察院右副都御史；如各部尚书及左都御史奉旨补授者，俱为兵部尚书兼都察院右都御史。

(3)巡抚中，取消右佥都御史兼衔，确定巡抚由侍郎补授者，为兵部右侍郎兼都察院右副都御史，不由侍郎补授者，无论何项官员，俱兼都察院右副都御史衔。

乾隆四十四年又对上述规定作了调整，确定总督一体授都察院右都御史，巡抚授都察院右副都御史，至于应否兼兵部尚书或侍郎衔，由吏部请旨定夺。

经过康熙、雍正、乾隆三朝的调整，督抚兼衔制度也趋于完善。

其特征，一是总督与巡抚的兼衔的区分逐渐划一明晰；二是督抚兼衔名称也趋于固定。

兼衔制的存在，其意义是重大的。

一是使总督巡抚的身份具有双重性，由于督抚所兼为都察院和兵部官衔，从而也就有了受中央派遣之使命。本来督抚地方官制化以后，负有地方行政之责，而兼衔制则使督抚具有了代表中央行使军事和监察之权的意味，这就大大加强了督抚的事权，使督抚成为联接中央与地方之间的桥梁。

二是通过兼衔制抬高督抚的地位。

《光绪会典》称：

“凡百官之任，有管理以重其权，有行走以供其职，有加衔以显其秩。”

清朝定官吏品秩，其中总督正二品，巡抚从二品，而武官中，提督从一品，总兵正二品，督抚在武官提督总兵之下。但在清朝的统治思想中，要防止军事权膨胀，最好的方法莫过于以文制武。

康熙《大清会典》就说：

“国家军旅之事，专任武臣，其在直省者以文臣监督，曰总督，曰巡抚。”

为使品秩低于提督总兵的督抚能够“制武”，于是通过兼衔来拾高督抚品秩，使总督官阶升为从一品，巡抚的官阶升为正二品，从而能够名正言顺地对辖区内的提督总兵行使节制监督权。