不知道皈依开始信仰的具体日期，也不清楚伊斯兰教最初是什么时候来到该地区的，按史料记载反正就是在11或12世纪。第一块穆斯林墓碑上的标记可以追溯到1080年，这也是马可波罗在1292年访问该地区的时候，他指出城市港口国佩拉克是穆斯林。第一个穆斯林王朝的证据是1297年苏尔坦·马利克·阿尔-萨利赫（Sultan Malik al-Saleh）的墓碑，他是塞马吉·奥波塞特（semaj Oposite）苏丹国的第一位穆斯林统治者。中国史料就曾记录了1282年萨穆德拉王国（kingdom of Samudra）有一个穆斯林代表团来到明朝朝贡。

伊斯兰教的传播一般沿着贸易路线向东经过主要的佛教地区和半个世纪后的马六甲地区，我们看到，第一个伊斯兰王朝的出现就是在马六甲的苏丹国。在群岛的远端，由一个沙阿（当地传统教徒）转变成穆斯林，并采用穆罕默德·伊斯干达沙的名字。伊斯兰教在统治阶级中的传播是由于穆斯林商人与当地妇女通婚，一些较富有的商人与统治精英的家庭结婚，作为地方统治者和皇室的印度尼西亚人开始接受它，随后他们的臣民也学习精英们慢慢皈依。

15世纪，随着马六甲苏丹国在马来半岛的军事力量，以及其他伊斯兰势力在穆斯林政变战争的帮助下主导了该地区，并对海上贸易和最终市场有着绝对的控制权，而这也让伊斯兰教得到了加速扩张。15世纪之后，控制着马拉亚、文莱、菲律宾西南部以及爪哇东部和中部沿海地区的爪哇-马贾帕希特帝国逐渐衰落，然后阿拉伯、印度、萨马拉和马来半岛的穆斯林商人，以及中国开始主导曾经控制爪哇区域贸易商贩们，纷纷进入这些地区。中国明朝对马六甲提供了强大的支持，以及爪哇北部海岸马六甲掌权者积极鼓励该地区人民向伊斯兰教的转变，于是明朝船队在爪哇东北海岸建立了华人穆斯林社区，从而永久性地反对爪哇的印度教教徒。这些在爪哇北部港口建立的华人穆斯林、阿拉伯穆斯林和马来族穆斯林，逐渐成为了群岛上的主要政治力量。

历史上的印度教徒和佛教徒是万物有灵论者，他们曾是印尼群岛上的主导宗教。不过随着伊斯兰教的入侵，他们中的许多人慢慢接受了这种新的宗教，因为穆斯林游客和商人在与当地居民交易的同时不断传播伊斯兰教教义。伊斯兰教是一神论信仰体系，它不允许追随者信仰其他神，但印度教教徒和佛教徒通常不愿意改变自己的宗教信仰，这让统治者十分焦急。最后，他们实施了新的政策，就是作为一个穆斯林比非穆斯林拥有更多的特权、利益和优惠条件，所以一些人为了安全和确定性，他们选择了宣布自己是穆斯林。