随后穆罕默德支持了一场异端宗教运动，大致就是一位托钵僧教派的波斯传教者宣扬各种非正统观点，结果引得穆罕默德很感兴趣，将此人迎入宫廷，结果惹出了一场风波

此举引起传统穆斯林（尤其以大维齐尔哈利勒为首）的愤慨，于是穆斯林逮捕了这个波斯人，但这位波斯传教者设法逃走并躲进苏丹的宫殿寻求穆罕默德的庇护，由此引来少年苏丹与传统伊斯兰教派之间的矛盾

最终迫于压力穆罕默德把波斯人交了出去，随即就被群情激奋的民众绑在木桩上活活烧死，这位传教者的追随者也被斩尽*绝。但事情远远没有结束，这位帝国的年轻继承人从此就与宗教和行政集团之间的关系产生了裂痕，怨恨的种子就此播下，而最直观的怨恨对象就是“老头子”哈利勒

后来也因为穆罕默德二世的年轻不成熟已经“讨人厌”的个性，最终导致了近卫军的叛乱。近卫军对穆拉德二世那是忠心耿耿又充满爱戴之情，但就是想要弄死这个飞扬跋扈的穆罕默德二世（也可见少年穆罕默德确实还是不够老练）

近卫军

所以就在穆罕默德即位不久，奥斯曼帝国统治阶级内部就出现了矛盾，与此同时帝国外部也不安稳：匈牙利国王瓦迪斯瓦夫三世利用穆罕默德年幼撕毁1444年匈土《塞格特和约》！

匈牙利国王瓦迪斯瓦夫三世

瓦迪斯瓦夫三世在教皇尤金四世、拜占庭帝国及威尼斯共和国支持下组织了十字军，于同年9月越过多瑙河直扑黑海边的重镇瓦尔纳！这就是著名的1444瓦尔纳战役！