坚定甚至偏执的执行自己的意志，这是任何一个“明君”必不可少的特质
在即位之初，朱由检便大力铲除阉党势力，重用东林党人，意图实施新政。然而在被皇太极突袭京师、一顿猛揍之后，他却凭借一时意气，押宝式的将内阁大学士韩爌、钱龙锡、成基命、李标等东林党人统统去职，重新启用周延儒、温体仁等佞臣入主内阁。这也意味着所谓的“崇祯新政”刚刚开盘即告夭折，明廷上下彻底陷入党争，几乎没人干正经事了。
更致命的，是他对于袁崇焕的处置方式。
在宁锦之战后，因受魏忠贤阉党的打压，袁崇焕愤而辞职。朱由检即位后，立即重新启用了他，而且老袁也可能是一时激动，吹出了“五年复辽”的大牛皮。雄心勃勃的朱由检闻言大喜，不但立即指示朝廷上下对其予以全力的支持，还赐以尚方宝剑、蟒袍玉带，加封太子太保，给予的荣宠简直无人可比。哪怕后来袁崇焕擅*了毛文龙，他也全当没看见。
即便是皇太极绕道蒙古*奔京城了，朱由检仍对袁崇焕表现出充分的信任。不但数次下令嘉奖，还指派他统领各路援军保卫京师。不过在京师被围之后，朱由检对袁崇焕的态度却发生了极大的变化。
袁崇焕的功过是非，总结下来就是明人骂、清人捧，现代人说啥的都有
在广渠门大捷之后，朱由检召见袁崇焕，后者提出因连日征战、兵马疲敝，请求进城修整并补充给养——按照明朝祖制，勤王军的兵马确实不许进京以防作乱。但在前日的德胜门之战后，满桂部因为挨了自己人的炮弹损失惨重，被允许进入瓮城休整，在事实上已经打破了这个惯例，所以袁崇焕才敢提出这样的要求。事实上按照以往朱由检对于袁崇焕的信任和恩宠，这样的要求也算不上过分。
然而，朱由检却毫不犹豫的拒绝了，这表明两者间的信任已经开始出现了裂痕，这便给了有心之人操作的空间——不光是皇太极使了反间计，更让无数袁崇焕的仇家有了用武之地。
老袁这个人吧，智商肯定不低，但情商之低堪比马里亚纳海沟。其刚愎自用和急躁严苛能将此中翘楚的朱由检再甩出八条街去，所以恨不得他去死的人也能排出八条街去——至于让他去死会对大明朝造成什么样的影响，谁在乎？以前有朱由检罩着袁崇焕，这些人还有所收敛，现在皇帝明显对后者表现出不信任的态度，他们还有什么可犹豫的？
于是他们像饿狼一样扑上去疯狂的撕咬——不停的在朱由检的耳边揭发袁崇焕的罪状。事实上，他们指控的“擅*岛帅”、“与后金勾结”、“主张议和”、“市米资敌”等罪名也算不上空穴来风，袁崇焕基本上也都干过，但是罪还是非罪争议就大了去了。比如袁崇焕斩*毛文龙可用的是御赐的尚方宝剑，对此朱由检也只能默认；与后金勾结找不到直接证据，至于议和，这种事连朱由检都没少干，老袁就算主张了一下又能是多大的罪名？至于市米资敌，当时的蒙古喀喇沁部是友还是敌，又有几人说得清？
袁崇焕*毛文龙事件被人争论成了一锅粥，反正怎么说怎么有理
总之袁崇焕被扣上的罪名，概以括之可以用“莫须有”三字盖棺定论。不过当时朱由检被皇太极连打带吓得都要弃京而走了，对自己那些笨蛋加三级的臣子们当然是怎么看怎么不顺眼，而且越看越生气。现在有人指控造成这一切的根本原因在于有内鬼在作祟，他本就病入膏肓的疑心病自然会骤然爆发——不管是真是假，先把人抓起来再说。
于是袁崇焕被抓捕下狱，而且逮捕的过程完全是欺骗性和羞辱性的，表明本就御下冷血无情的朱由检已经下决心要解决掉袁崇焕了：
“十二月辛亥，上召崇焕议饷，密敕满桂、黑云龙、祖大寿同入……崇焕趋进，见桂等在上所，惊沮。上问*毛文龙，致敌兵犯阙，及射满桂三事。崇焕不能对。上命桂解衣验示，着锦衣拿掷殿下，校尉十人，褫其朝服，枉押西长安门外锦衣大堂，发南镇抚司监候。”（《明季北略·卷五·崇祯二年己巳》）
只不过袁崇焕的突然被捕，导致其麾下的辽东军在义愤和惶恐之下无令而走。这就使得后金军彻底无人可制，接连在京畿附近攻掠，连克固安、永平、迁安、滦州等数城，为了稳定军心和控制局面，朱由检不得不暂时压下对于袁崇焕的处理。
在大明落到锦衣卫手里还能有个好？袁崇焕的结局在被捕时已经注定
崇祯三年（公元1630年）八月，暂时平息了己巳之变风波的朱由检，下令凌迟处死了袁崇焕。在有心人的蛊惑和授意下，这位曾在京师城下浴血奋战，被后金军的箭矢射得“两肋如猬”，只因身披重甲才侥幸保住性命的袁督师，却被他保卫过的民众食其肉、饮其血：
“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊。”（《国榷·卷九十一·崇祯三年八月癸亥》）
然而，无论是因此出了一口恶气的朱由检，还是在痛快淋漓欢呼的大明子民，都无法预见到这样一个残酷的现实——这个姓袁的“汉奸”死后，“边事益无人，明亡征决矣。”（《明史·卷二百五十九·列传第一百四十七》）
大明朝的文官士大夫，几乎从来都没有跟他们的君王同心同德过。而一直被皇帝和文官轮番打压的武臣们，曾经遵循着最基本的职业操守和朴素的价值观为国奋战过，可是随着熊廷弼、王化贞，尤其是袁崇焕的惨死，使得他们的军心士气几乎瞬间崩塌：
“袁既被执，辽东兵溃，数多皆言以督师之忠，尚不能自免，我辈在此何为？盖袁在辽左，最得将士之心，故致如此。上乃出谕，谓暂令解任听勘，而先入之言深，卒无转圜之意。其后再踰年，而有孔有德之乱，得非伤辽人之心而然欤？封疆之事，自此不可问矣。”（《玉堂荟记·卷上》明·杨士聪）
在己巳之变前，明军对后金作战中有过战死之将，更有过被俘之臣，但是大规模的叛降、尤其是高级将领、官员的主动叛降极其少见。但在巳之变之后的3年内，后来的“降清五王”中的3人——孔友德、尚可喜和耿仲明统统或叛或降，历次对清作战也是罕有胜绩，倒是明军一触即溃的现象比比皆是。
