昔班尼王朝统治近一个世纪，把中亚变成血腥战争的竞技场。在一系列争夺皇位的内战中，所有的昔班尼氏族成员都被*害。1599年阿斯特拉罕王朝开始统治昔班尼王朝。在阿斯特拉罕的统治下，中央集权国家分为三个邦：布哈拉酋长国、浩罕汗国和希瓦汗国。
希瓦，浩罕汗国和布哈拉酋长国
作为独立国家，花剌子模的形成与术赤的后裔Ilbars 汗（1511-1525）有关。在十六世纪初，国家是由来自达史提钦察（Dasht-i-Kipchak）部落的可汗统治。花剌子模成为一个独立的国家，被称为希瓦汗国。它在阿卜杜勒加汗的统治下繁荣起来。
18世纪中叶，布哈拉是由曼吉特王朝统治。穆罕默德·拉希姆·比伊成为布哈拉汗国的统治者。他被称为埃米尔，自那时起，这个国家被称为布哈拉酋长国。布哈拉酋长国的历史就是不断内战和冲突的历史，这影响了国家的经济和文化生活。
由于领土的狭小和发达的费尔干纳山谷的经济独立性，促成了浩罕汗国（1709年）与布哈拉汗国的分离。浩罕汗国包括从纳曼甘到潘萨纳加的北费尔干纳。明格部落（“千”）首领沙鲁克-比伊于1710年被任命为费尔干纳的第一任统治者。中世纪时期出现在中亚的三个独立国家彼此息息相关。一个汗国出现政治事件就会破坏其他汗国的利益。
19世纪中叶的中亚汗国是典型的封建国家。社会秩序的特点是定居的人以及游牧民族和半游牧的部落。希瓦汗国就是典型的代表。
由于俄罗斯军队在十九世纪六十年代武装入侵，浩罕汗国被废除，土耳其斯坦总督府成立于1867年7月11日。布哈拉酋长国和希瓦汗国获得保护国的地位。权力集中在执行所有军事和民政事务的总督手中。新政府重点关注乌兹别克斯坦的农业经济领域：这导致了俄罗斯工业需求的棉花增长。杜松子酒厂和棉籽油厂建成了，采矿作业开始了，建造了连接中亚和俄罗斯欧洲部分的里海铁路。
乌兹别克苏维埃社会主义共和国
在1917年秋天，苏维埃政权宣布成立。突厥斯坦在苏维埃社会主义共和国内获得了苏维埃共和国的地位。民族主义者不同意这一决定，去了山上，为了祖国的主权在那里展开了激烈的游击战争。从1917年到1921年，在中亚地区，红军的游击队与红军之间发生了一场以苏联的胜利而告终的斗争。1924年，在苏联境内建立了五个新共和国，其中就包括直到1991年还存在的乌兹别克斯坦共和国苏维埃社会主义共和国。
在乌兹别克斯坦苏维埃政权的头几年，采取的许多措施都是针对扫盲和学校建设的。同时，传统的生活方式和文化遭到了破坏。20世纪30年代，乌兹别克斯坦发生了工业化革命：建造大型工厂和轻重工业的纺织厂，这些新城市附近建造了这些工厂，旧城得到重建。在此期间，乌兹别克斯坦遭受了斯大林的政治压迫：受害者中有乌兹别克斯坦的主要政治家和文化名人。
在1941 - 1945年的二战期间，苏联共和国的男性被送到了战争前线，最重要的企业和人民被疏散到包括乌兹别克斯坦在内的中亚各共和国。在此期间，塔什干成为了一个疏散中心，为整个苏联的难民提供了避难所，被称为面包之城和国家友谊之城
1966年，塔什干发生强烈地震，摧毁了旧城的大部分地区。为此，这座城市由苏联建筑师以苏联风格进行重建。1977年，塔什干地铁投入运营。这是中亚第一个地铁。
独立的乌兹别克斯坦
随着苏联解体，1991年8月31日在最高苏维埃第六届特别会议上宣布了乌兹别克斯坦的政治独立。
9月1日宣布是国家的独立日。乌兹别克斯坦共和国被全世界160个国家正式成认为独立国家。1992年3月2日，乌兹别克斯坦成为联合国成员。1992年12月8日，乌兹别克斯坦共和国采用了新宪法。
