随后，三人一起来到伯利克里的故居，在这里与希罗多德等人会合。一场推翻克勒翁统治的暴动即将从这里掀起。

首当其冲的是克勒翁关于镇压米蒂利尼起义的谎言。苏格拉底的学生发现克勒翁在卫城西侧的大宅里藏了一些东西，很有可能是他贪腐的证据。为了彻底破坏他的名声，卡珊德拉决定将这些东西公之于众。在他的花园里，卡珊德拉发现了一个上锁的箱子，通过屋子里的信件，卡珊德拉知道箱子的钥匙在军官菲罗斯手里。

随后，卡珊德拉刺死了在卫城圣殿巡逻的菲罗斯，把克勒翁的罪证送上了普尼克斯的宣讲台。苏格拉底早已等候多时，他让卡珊德拉假扮成克勒翁的支持者，两人一唱一和，将这位雅典*的伪装扒得一干二净。

克勒翁用谎言蛊惑人民，让他们为出兵米蒂利尼投赞成票。但在如山铁证面前，没人愿意看到城市毁在这样一位领袖手里。

继而要做的是控制舆情。阿里斯托芬的讽刺剧《骑士》刚刚完笔，其中对克勒翁有颇多明嘲暗讽的内容。他希望用这部剧为雅典发声，但不巧的是，他的御用演员忒斯庇斯居然罢工了。

原来，克勒翁的手下雷克森诺尔早就知道了忒斯庇斯要出演这部戏的事情，便让人把他灌醉，而后派小兵布利斯去他家搜查《骑士》的剧本。然而布利斯还未找到就被卡珊德拉逮了个正着，老老实实地说出了忒斯庇斯的去向。

此时的忒斯庇斯已然烂醉如泥。他被卡珊德拉背回家，失魂落魄地呼喊着他演艺生涯的缪斯，妓女埃卡忒里涅的名字。原来，受雷克森诺尔胁迫，埃卡忒里涅中断了与忒斯庇斯的交往，失去心爱之人让这位戏剧明星完全失去了演戏的兴致，在小酒馆里自甘堕落。

为了让明日的演出顺利进行，卡珊德拉刺死了雷克森诺尔，并回收了证明其神教身份的三角碎片。第二天，《骑士》的首次公演在一片欢声笑语中落下帷幕。全场只有克勒翁一脸凝重，还未等到结束便默默离开了这里。

这两件事让克勒翁的支持率低到了极点。为了让雅典人重新团结在自己周围，他决定领兵北上，从斯巴达人手中夺回安菲波利斯。

收到布拉西达斯的口信后，卡珊德拉马不停蹄地向战场赶去。公元前422年，斯巴达人对安菲波利斯城郊的雅典大营发起冲锋。两军对垒之时，阿利克西欧斯突然出现在战场上，用长矛捅穿了布拉西达斯的脑袋。卡珊德拉见状急忙猛攻而来，姐弟俩的对决再次展开。

然而，阿利克西欧斯只坚持了一瞬便被身后的暗箭重伤倒地。原来是克勒翁想速战速决，躲在远处偷袭卡珊德拉，没想到竟一箭射到了自己人身上。见大势不妙，克勒翁立即丢下短弓，向海边溜去。此时的他已是插翅难逃，面对卡珊德拉的步步紧逼只好背水一战。

直到最后一刻，克勒翁仍抱着说服卡珊德拉加入神教的幻想，但得到的回应只有来自她的满腔怒火。*掉他后，卡珊德拉从他身上搜出了帕里斯之弓和"鬼魅"写给他的悄悄话：正是身为神教领袖的"鬼魅"导演了伯利克里之死，并要求克勒翁将希腊城邦统一在其控制之下。可是当卡珊德拉回到战场后，却并没有找到弟弟阿利克西欧斯的尸体。

战争结束了，回到斯巴达后，卡珊德拉将安菲波利斯发生的事情和阿利克西欧斯生死未卜的消息告知给母亲。生活还要继续，为了让生活翻开新的一页，两人登上了忒格特斯山，却意外见到了抱着同样想法的阿利克西欧斯。

尽管母女俩苦言相劝，希望引起阿利克西欧斯的共鸣，让他离开神教，回归家庭。但阿利克西欧斯却对这一切充耳不闻。他十分清楚，自己的本性和自己犯下的罪孽一样永远无法改变。

绝望中的他拔出武器向自己的母亲密里涅刺去，而当回过神来时，卡珊德拉的断矛已经插进了他的身体。

阿利克西欧斯死后，卡珊德拉取下了他的剑和盔甲，并找到了"鬼魅"写给他的一封信。这封信证明，神教成员间之所以貌合神离，其实也是拜这位领袖所赐。

下山后，卡珊德拉与密里涅回到老屋，与征战归来的尼科拉欧斯和史坦托尔团聚。四人组织了一次丰盛的晚宴。随后，卡珊德拉的三位家人随她登上阿德瑞斯提亚号，在接下来的几年里以副手的身份与她一起旅行。

后来，卡珊德拉来到雅典公墓，与苏格拉底一同祭奠了福柏、伯利克里以及其他在战争中死去的人。当晚，伯利克里的故交们齐聚在当年召开宴会的地方，庆祝克勒翁政权与神教的覆灭，纪念卡珊德拉的复仇，并向在战争中倒下的朋友致敬。

雅典将军及政治家尼西亚斯也是在场一员，他提出了与斯巴达和解的倡议。第二年，和约在他的主持下成功签订，希腊世界终于迎来了久违的和平。

至此，《刺客信条：奥德赛》的故事来到了尾声，而远古刺客卡珊德拉的故事，却还在继续。