但将大规模的捕捞看成新疆大头鱼濒临灭绝的原因，恐怕也不准确，这时塔里木水系发生的两个变化，也影响了大头鱼的正常繁衍。1965年之后，塔里木水系里的多个河流陆续启动了大型水利设施的建设，大量的水库、水闸、大坝、水电站拔地而起，阻挡了大头鱼的洄游产卵，只有极少部分完成整个交配过程，幼苗的减少注定大头鱼只能越来越少。

另外鉴于当时国家物种侵犯学科的不健全，一味追求经济利益，从1968年至1970年实施了大规模的“北鱼南上”行动。原本塔里木水系里仅有大头鱼、条鳅鱼等几个鱼种，突然涌入十几个其他鱼种，比如青、草、鲤、鲫、鳊等常见的长江鱼，直至最后挤满了30多个鱼种，此时原有的鱼种结果、食物链条瞬时崩溃，新的生态链下许多鱼种因不能适宜，数量不断萎缩。

新疆大头鱼掠食小鱼，原处在食物链的塔尖位置，但是更加凶猛的赤鲈、贝加尔雅罗鱼，这种同属以吞食小鱼为生的掠食鱼的加入，与大头鱼的食物、空间争夺日趋激烈，整体而言大头鱼始终处于劣势。

1988年尽快保护新疆大头鱼的报道不时出现在报端，也正是这一年，新疆大头鱼正式列入了《濒危野生动物红皮书》,除了大头鱼外，里面还有中华鲟、大熊猫，大头鱼的珍贵程度不言而喻。

2、双管齐下。新疆大头鱼不同其他鱼种，它的自然产卵、交配的成活率并不高，所以选用更为科学的人工选育成了首先。2000年我国农业部划拨200万元建立起了专业的大头鱼幼苗繁育基地。经过几年的人工授精、流水孵化、选育，2005年取得突破性成功，并将首次孵化的1万尾幼苗投放至克孜尔水库。等到2009年，大头鱼原种场成功繁育了140万尾大头鱼幼苗，这时新疆大头鱼的灭绝危机得到极大缓解。

2013年人工繁育的数万尾大头鱼再次在在拜城县克孜尔水库集中放流。目前整个孜尔水库大约活跃在80万尾大头鱼。大头鱼对环境要求苛刻，而目前塔里水系里的众多河流、湖泊，还不足以保证自然水域下较高的成活率，所以几乎所有的大头鱼幼苗依然依赖人工繁育的。不过这种方法，毕竟不是长久之计，采取措施，恢复各地水域的生态环境才是根本的解决之道。

原创：老高