进化论的拥护者们，则在达尔文死后的一百多年时间里，不停的地球上打洞，试图找出过渡物种存在的证据。他们总计打了六百多万个洞（可能更多），挖掘出了上亿件化石。

但是，对于过渡形态的化石，仍然极度缺乏，被称为进化论铁证的东西，后来则均被证明是伪作，著名的爪哇猿人就是如此，但它直到1984年，还被摆放在纽约博物馆充当证物。

民众普遍不会被告知进化论存在着缺陷，尽管这些缺陷致命的。因为大多数民众不需要去了解这些东西，所以出版商们会谨慎的考虑市场需求，决定该类书籍的印刷量。与此类似的还牛顿的力学定理。

事实上，推翻牛顿定律的正是家喻户晓的相对论，但中国人对相对论的概念非常模糊，多数人只知道它的名称，却不了解它的含义。

但相对论在提出的二十多年后，就被爱因斯坦的学生们部分推翻，后来的科学家据此建造了粒子对撞机，却在近半个世纪内不敢将它运行。因为根据这些理论，科学家们害怕制造出小型黑洞（大概有小指甲盖那么大），将会把整个地球吞噬。

促成这一改变的霍金，而他推翻了前者的理论，于是粒子对撞机终于得以运行。事实再一次证明，以前的理论是错误的，但对于牛顿力学来说，它却先进了几百倍，为我们提供了更多的高新科技产品，而这些具有重大意义的科学成果，大部分人类可能闻所未闻，因为它离我们的生活太远了，尽管我们正在享受着这些理论带来的好处。

进化论的核心是基因突变、适者生存，其过程是长期的，早在达尔文提出进化论时，反对者就开始提出了致命的攻击，攻击者通常是科学家而非宗教人士。他们提出的问题，不仅让达尔文茫然无措，称其为“讨厌的谜题”， 也让现代进化论者无力解释。

这些问题的其中之一引用了中国的睡莲，被称为对进化论最致命的攻击。中国的睡莲拥有很高的系统性，花朵简直就是为了蝴蝶或者其他昆虫授粉设计的。那么，到底是先有花朵还是先有授粉昆虫？

在此之上更深层次的问题，那就是中国睡莲究竟是为什么进化而来，不开花、依靠无性繁殖的原始睡莲，为什么就突然长出了有性繁殖的系统呢？

第三个问题则是，最早基因突变，出现在世界上的开花植物到底是依靠什么进行繁殖？因为当时没有授粉昆虫，假如花粉无法传播，有性繁殖怎么进行？最初的有性繁殖者为什么没有因为找到“另一半”而灭绝？

第四个问题是，假如在一段时间内，无性繁殖和有性繁殖是同时存在的，那么我们就能轻易找到很多的化石证据。因为根据进化论，物种是基因突变、自然选择长期演变而来，过渡阶段就会存在着大量证据。但是事实与之相反。