地铁S3号线途经江宁区、雨花台区、建邺区和浦口区，共设置19座车站，分别是南京南站、景明佳园站、铁心桥站、春江路站、贾西站、油坊桥站、永初路站、平良大街站、吴侯街站地、高庙路站、天保站、刘村站、马骡圩站、兰花塘站、双垅站、石碛河站、桥林新城站、林山站、高家冲站。

南京地铁S6号线途经南京市栖霞区、江宁区和镇江市句容市，共设13座车站，分别是马群站、百水桥站、东郊小镇站、古泉站、南京猿人洞站、汤山站、泉都大街站、黄梅站、童世界站、华阳站、崇明站、句容站。

　　地铁S7号线途经江宁区和溧水区，共设置9座车站，分别是空港新城江宁站、柘塘站、空港新城溧水站、群力站、卧龙湖站、溧水站、中山湖站、幸庄站、无想山站。

　　地铁S8号线一期工程途经浦口区和六合区，共设置17座车站，分别是泰山新村站、泰冯路站、高新开发区站、信息工程大学站、卸甲甸站、大厂站、葛塘站、长芦站、化工园站、六合开发区站、龙池站、雄州站、凤凰山公园站、方州广场站、沈桥站、八百桥站、金牛湖站。