该沟域发源于武川县可镇瑞生金村，即东经111°30′，北纬41°11′。向南流至小黑河，该沟流域面积 706km2，从源头至小黑河河沟长 40.07km，河道平均宽度35m，平均比降1/106。该沟为间歇性河流，平时只有少量清水，汛期由于流域坡陡，产流速度快，洪水历时短，洪峰流量大，冲淘力强，并挟带大量泥沙。洪水出沟后，经过高速公路桥、110国道桥、京包铁路桥、东风桥、沿市区东侧如意开发区汇入小黑河，由北向南穿越市区，于呼和浩特南郊西行，经石化小区、小黑河乡后从土左旗小混津村西汇入大黑河。

哈拉沁沟生态人文资源丰富。植被面积3万余亩，有油松、侧柏、白桦、山杨等乔木以及虎榛子、黄刺梅、山樱桃等灌木20余种天然和人工树种，有狍子、狐狸、野兔等100余种野生动物。沟内有原鹰翔水泥厂石灰厂旧址、抽水蓄能电站等厂站以及老爷庙等观光景点。